הרב עובדיה יוסף, מנהיג ש"ס, לא טמן ידו בצלחת והצטרף לסאגת ההורים מעמנואל, כאשר אמר אמש (מוצ"ש) במסגרת דרשתו השבועית: "אתם יודעים מה דעתי על בית המשפט העליון. רוצה לומר לכם, דברי הרמב"ם, כל מי שפונה לערכאות, לבתי המשפט החילוניים שפוסקים לא לפי דין תורה - כאילו חירף וגידף, ואין לו חלק בעולם הבא".
בתוך כך, בנו של עובדיה יוסף, יעקב, שהיה ממובילי המאבק בהפרדה בבית-הספר לבנות בעמנואל, הודיע כי הוא פורש מהעיסוק בפרשה. הודעה זו הגיעה לאחר סדרת איומים שקיבל הרב על חייו ועל חיי בני משפחתו.
יעקב יוסף ליווה את העותרים בתיק וחיזק אותם במאבקם נגד האפליה בין התלמידות הספרדיות לאשכנזיות בבית-הספר "בית יעקב" בעמנואל.