ימים ספורים לאחר שיצא מנכ"ל משרד הבינוי שלמה בן אליהו נגד החלטת הממשלה העוסקת במתווה פינוי מחנות צה"ל, ולאחר שספג ביקורת חריפה על כך מגורמים רבים מהממשלה ומחוצה לה, החליט בן אליהו למשוך את התנגדותו. במכתב נוסף ששלח שלשום לחברי מועצת מקרקעי ישראל הודיע בן אליהו כי הוא חוזר בו ממה שכתב להם במכתבו הקודם. "נא ראו את מכתבי שבנדון כמבוטל", כתב בן אליהו במכתב שהעתקו הגיע לידי "גלובס".

גורמים המכירים את הנושא העריכו כי הסיבה לשליחת המכתב השני היא לחץ שהופעל עליו ע"י גורמים שונים שקיבלו את מכתבו הראשון בתדהמה וחששו שהדבר יעכב או יסכל את יישום החלטת הממשלה.

כזכור, וכפי שפורסם ב"גלובס", התריע בן אליהו במכתבו הראשון כי אופי ההחלטה שהתקבלה בממשלה, עם דגש כך שרשות מקרקעי ישראל היא זו שאמורה לשאת במימון הפינוי בהיקף של מיליארדי שקלים, עשויה לפגוע בהתנהלות רמ"י בתחומים אחרים. בנוסף כתב אז בן אליהו כי קדם המימון לפינוי המחנות צריך להיות באחריותו של משרד האוצר: "התחמקותו של האוצר ממימון התזרים הנדרש להעתקת המחנות עומדת בניגוד לחוק יסודות התקציב, ותגביל את יכולתן ושיקול דעתן של הממשלה והמועצה לקבוע מדיניות קרקעית, ככל שזו תגרום להפחתה בהכנסות רמ"י מהקרקע".

עוד כתב בן אליהו במכתבו הראשון: "אם יתקבל מתווה ההסכם כפי שעולה כעת בדיונים, תוגבל יכולתה של רמ"י לבצע את מטלותיה ותוגבל יכולתה של הממשלה להנחות את המועצה בנושא מדיניות הדיור וניהול הקרקעות. למשל, חלק גדול מהחלטות הממשלה והמועצה במדיניות הדיור מביא להפחתה בהכנסות המדינה מהקרקע, כגון החלטות בנושא אזורי עדיפות לאומית, מחיר מטרה, מחירי קרקע ליישובים הבדואים והנחות לחיילים משוחררים. החלטות כאלו לא יתאפשרו כי לב ההסכם הוא התחייבות רמ"י להעביר לחברה שבאחריות משרד הביטחון את הכנסותיה מהקרקע בסכומים הדרושים לתזרים העתקת המחנות, הן את התקבולים מפינוי המחנות עצמם והן, לפי הצורך, מתקבולי קרקע אחרים!".

מכתבו של בן אליהו עורר סערה. גורמים בממשלה, גורמי מקצוע במשרדי הממשלה וגם גורמים מחוצה לה הביעו תמיהה על כך שמנכ"ל משרד ממשלתי יוצא נגד החלטה שהתקבלה בממשלה, במיוחד לאור העובדה שהשר הממונה עליו, אורי אריאל, תמך בהחלטה והצביע בעדה בישיבת הממשלה לפני שבועיים. בן אליהו ציין כי המכתב נשלח שלא על דעתו של שר הבינוי. עוד ציינו גורמים בממשלה כי לא ברורה סמכותו של מנכ"ל משרד הבינוי לטפל בסוגייה שנוגעת לרמ"י בעוד רמ"י היא רשות הכפופה לשר הבינוי ולא למנכ"ל המשרד. עוד הוסיפו גורמים בממשלה כי הממשלה מחויבת להחלטה, והטענות שהועלו ע"י בן אליהו בנוגע ליכולתה של רמ"י לעמוד במימון קיבלו התייחסות מלאה גם בנוסח ההחלטה שאושרה.