לא רק מבני קופות-החולים עצמן יקבלו הנחה בארנונה, אלא גם משרדי קופות-החולים - כך קבע לאחרונה בית המשפט העליון בערעור של מכבי שרותי בריאות נגד עיריית גבעתיים.
אחת ההוצאות המשמעותיות ביותר של קופות-החולים, שאינה קשורה לאספקת השירותים הרפואיים, היא הארנונה המשולמת לרשויות המקומיות, הנוגסת בתקציב קופת-החולים.
מאחר שקופות-החולים מתוקצבות על-ידי המדינה, ולא ניתן תקציב נוסף למימון תשלום ארנונה מלא, בחר המחוקק לקבוע בפקודת מיסי העירייה כי כל נכס המשמש את קופת-החולים לצורך מתן שירותי הבריאות יזכה לשיעור ארנונה מופחתת ב-33%.
בתחילת הדרך הרשויות המקומיות החילו את הסדר במלואו וחייבו את כל נכסי קופות-החולים בארנונה המופחתת. בשנים האחרונות חלו הרשויות במגמה לצמצם ככל שניתן את ההנחה שנקבעה בחוק והחריגו, לשיטתן, נכסים רבים של קופות-החולים מתחולת הפטור, בטענה כי לא נעשית בהם "פעילות רפואית".
בית המשפט העליון אימץ את הפרשנות שאותה העניק היועץ המשפטי לממשלה מיום 4 באוגוסט השנה לחוזר מנכ"ל משרד הפנים מ-2004, הקובע כי תאגיד המספק שירותי בריאות יהיה זכאי להכרה כמוסד הזכאי לפטור מארנונה, לפיה "הן לשונו של התנאי והן תכליתו מובילות למסקנה כי יש לראות במשרדי הנהלת המחוז נכסים המשמשים את הקופה לצורכי מתן שירותים על-פי חוק בריאות ממלכתי".
את קופת-חולים מכבי ייצגו עורכי הדין אורי דויטש וארז ליבנה ממשרד פלג, כהן, דויטש. את עיריית גבעתיים יצג עו"ד דביר ליבוביץ. את היועץ המשפטי לממשלה ייצג עו"ד ליאורה וייס-בינסקי.