דו"ח מבקר המדינה אינו מתמודד עם השאלה המרכזית של שיווק אדמות קק"ל: האם מותר למכור קרקעות קק"ל רק ליהודים, בנימוק שהקמת הקרן נועדה לסייע להתיישבות היהודית בארץ ישראל. הבעיה אינה פשוטה ברמה המוסרית: הרי מתוך 2.5 מיליון הדונם של קק"ל, פחות ממיליון דונם אכן נרכשו לפני הקמת המדינה בכספי העם היהודי, אבל שאר הקרקעות הופקעו אחרי הקמת המדינה במסגרת הפקעות הקרקע הגדולות מערבים - ועכשיו אפשר להתייחס לקרקעות אלה ככאלה שניתן לשווקן רק ליהודים?
אין מחלוקת על כך שכל עוד רשות מקרקעי ישראל (רמ"י) משווקת את אדמות קק"ל, אי אפשר להפלות רוכשים ערבים. הפתרון במקרה של זכיית ערבים במכרז היה הליך של חילופי קרקעות בין המדינה לבין קק"ל, על מנת שלא ייווצר מצב שערבים רשומים כבעלי מקרקעין של קק"ל.
הבעיה הזו מקבלת ביטוי בכל פעם שמתעורר דיון על קק"ל, אולם כאמור לא קיבלה ביטוי בדוח המבקר.
דיון רם דרג של בכירים במערך המקרקעין והמשפט בבעיית מכירת קרקע לערבים התקיים ב-22.9.04, בהקשר למכרז שיווק קרקע למגורים בכרמיאל. הגורם המשפטי הבכיר באותה פגישה היה יצחק זמיר, מי שהיה יועץ משפטי לממשלה ושופט בית המשפט העליון. כך אמר זמיר:
"ניתן להעריך, על בסיס החומר המשפטי שישנו, ועל יסוד פס"ד קעדאן, כי ממ"י אינו יכול לנקוט אפליה, גם לא עקיפה (כמו בסוכנות וכו'), אפילו שמדובר באדמה פרטית כביכול, של קק"ל, כי המינהל, שמנהל אותה, ייחשב כמי שעושה את האפליה.
"צריך לחפש דרכים אחרות לפתרון הבעיה ולהימנע ממתן הכרעה משפטית. מתבקש, לכאורה, להפריד את ניהול מקרקעי קק"ל משאר הקרקעות. השאלה עד כמה זה מעשי... ייתכן שגם על קק"ל היו מחילים כללי שוויון. גופים דו-מהותיים - גופים שמאוגדים כפרטיים אך ממלאים תפקידים ציבוריים (סוכנות, הסתדרות) נדרשים לעמוד בכללי המשפט הציבורי, ובראש ובראשונה שוויון. ייתכן שגם קק"ל לא תשתחרר מחובת השוויון.
"פתרונות אפשריים: חליפין - מסכים עם המינהל שהדרך שבה התבצעו עד כה החליפין אינה ראויה ואינה חוקית. ניתן לפתור זאת כך, שקק"ל תעביר למדינה קרקע בשווי X, והמינהל יעביר לקק"ל קרקע אחרת בתמורה, שלא תיועד לבנייה.
"החכרת קרקעות קק"ל ללא יהודים - יש הבדל בין מטרות קק"ל לפי התזכיר שנכתב לפני 100 שנה, לבין מטרות קק"ל כיום. לא צריך להפריע לה אם ערבים רוכשים את זכות החכירה. לקק"ל לא צריך להיות חשוב מי מתגורר בערים. אם זה כך, ניתן לשנות את תזכיר קק"ל, כך שלא ימנע החכרת קרקע קק"ל ללא יהודים".
הדיון סוכם כך: "קרקע בית המגורים (בנייה נמוכה) בכרמיאל, אשר מבוקשת העברתו לאבו-ריא, וכן שלושת מגרשי הבנייה בכרמיאל, שבהם זכו ערבים, יירשמו על שם המדינה. קק"ל שומרת לעצמה את הזכות לקבלת תמורה עבורם. עמדת המינהל הינה כי שווי הקרקע הנ"ל אפס. פתרון זה הינו עד למציאת פתרונות קבועים, ולפיכך לא יהווה תקדים. לבקשת קק"ל המינהל לא ישווק במכרזים מקרקעין שבבעלות קק"ל בגליל ובצפון".