מבין הגורמים שעלולים להכשיל את מהלך הפרטת אל-על, העיתוי, ועד העובדים והמצב הביטחוני זניחים ביחס לבעיה הגדולה של החברה - מצבת החובות המעיקה. מאזנה של החברה לשנת 2002 מגלה סך התחייבויות עצום של 1.74 מיליארד דולר.
צד ההתחייבויות במאזן אל-על כולל 423.5 מיליון דולר לטווח הקצר ו-1.32 מיליארד דולר בטווח הארוך, כאן מלבד נושא האשראי הבנקאי והממשלתי, בולט חוב של 209.4 מיליון דולר, שרשום בסעיף התחייבויות בשל סיום יחסי עובד מעביד. סכום זה כולל חוב של 658 מיליון שקל (כ-150 מיליון דולר) שחייבת החברה לקרן הפיצויים של העובדים. בעקבות המחלוקות סביב חוב זה הוסכם, כי כל התקבולים שתקבל המדינה במהלך ההנפקה יוזרמו לקופת הפיצויים של העובדים.
באל-על אומרים, כי המשמעות היא שהכספים הללו זורמים בעצם להונה העצמי של החברה, שיגדל בעקבות הקיטון הצפוי בהתחייבויות בעקבות ההנפקה.
אבל הגורם הבעייתי ביותר הוא כמובן החוב לבנקים. המאזן מלמד על חוב בנקאי של 80.5 מיליון דולר בטווח הקצר, ושל 834.3 מיליון דולר בטווח הארוך. ההלוואות נלקחו לצורך מימון רכישת מטוסים ומנועים, המשועבדים לטובת הבנקים עד פירעון ההלוואות.
על פי תנאי ההלוואות, יכולים הבנקים לדרוש פירעון מוקדם של ההלוואות בנסיבות שונות, בהן גם העברת השליטה בחברה מידי הממשלה. בחודש אפריל, כשנושא ההפרטה נראה בסגור, פנה בנק הפועלים, הנושה הגדול ביותר של אל-על לחברה, וטען כי מהלך ההפרטה מהווה הפרה של הסכם המימון, ויכול להוות עילה לדרישת פירעון מוקדם של חובות החברה לו. הבנק איים, כי אם יבוצע המהלך הוא יפעל לפירעון האשראי שהעמיד לחברה.
בעקבות פניית הבנק הסכימה אל-על לשעבד לטובתו מטוס מתקדם מדגם בואינג 400-7474, או לחלופין להפקיד פיקדון של 74 מיליון דולר ל-4 שנים. המדינה התחייבה, כי במשך שנה וחצי מיום ההנפקה לא ירד שיעור האחזקה שלה ושל העובדים יחד מתחת ל-50%. לכן מחצית מהמניות בהנפקה הן באופציות ל-4 שנים (סידרה ב' וסידרה 1), כשתקופת המימוש תחל רק 18 חודשים לאחר ההנפקה. בעקבות זאת, הסכים הבנק לבטל את דרישת פירעון האשראי, והחברה החלה בהליכי השעבוד לטובתו.
אחרי בנק הפועלים הודיע גם בנק דיסקונט על צעד דומה, כלומר דרישה לפירעון האשראי שהעמיד לחברה. כמו עם בנק הפועלים, גם כאן הסכימה הממשלה לשעבד מטוס (בואינג 767) לטובת הבנק, ודיסקונט חזר בו מהודעתו.