המועצה הארצית לתכנון ובנייה החליטה להמליץ להעביר לאישור הממשלה קטע בתוכנית כביש 39, מעמק האלה ועד לאזור שממערב לגבעת משואה בירושלים. הקטע יועבר לאישור הממשלה אם ולאחר שיאושר במועצה גם הקטע השני של הכביש - מאזור גבעת משואה ועד כביש 4 (כביש בגין), שבתוך העיר.
כביש 39 כולו משתרך לאורך 25 ק"מ. אורך קטע הכביש שהומלץ לאשרו השבוע הוא 23 ק"מ. הוא כולל שתי מנהרות כפולות (5.2 ק"מ של מינהרות) ושלושה גשרים (4.2 ק"מ גשרים).
המועצה הארצית החליטה על כמה שינויים בתוכנית קטע הכביש הראשון וקיבלה חלק מההתנגדויות שהוגשו. במסגרת זו נקבעו שינויים בגבול התוכנית (שינויים בקו הכחול). חלק מהשינויים נועדו לשפר היבטים סביבתיים, חלקם תיקונים טכניים ונעשה שינוי אחד במיקום שפיכת עודפי העפר ושינוי התצורה של שפיכת העפר, כדי לאפשר הרחבה של צור הדסה. כמו כן בוטל הסימון הסכמטי של המחלף המחבר את כביש 39 עם כביש הטבעת המערבי המתוכנן. סימון המחלף מעוגן סטטוטורית בתמ"א 3.
קטע הכביש השני של כביש 39 יופקד מחדש להערות הציבור, מאחר שהתקבלו לגביו הערות של עיריית ירושלים שדרשו שינויים, בין היתר שינויים בגבול התוכנית. כמו כן התבקשה חוות דעת סביבתית לגבי קטע זה.