תוכניות הפיתוח ליישובים הערביים ברחבי המדינה מבוצעות באופן חלקי בלבד, תוך הבדלים משמעותיים בין משרדי הממשלה באחוזי הביצוע. כך עולה מממצאי הדו"ח השנתי של עמותת "סיכוי" לשוויון אזרחי, העוסק בתוכניות הפיתוח הממשלתיות בשנים 1999-2005.
במהלך העשור האחרון, לראשונה מאז קום המדינה, הותוו תוכניות פיתוח ליישובים הערביים והוקצו תקציבים ספציפיים לביצועם, בניגוד להתעלמות מהנושא שרווחה עד אז.
הדו"ח מגלה, כי בפועל ניכרת התקדמות בעיקר בפריסת תשתיות פיסיות, כמו ביוב, הקמת מבני ציבור וטיפול בכבישים, אך בתחומים מהותיים אחרים כמו פיתוח אזורי תעסוקה והשלמת מחסור בכיתות לימוד, שיעורי הביצוע הינם נמוכים. הסיבות לכך כוללות קיצוצים בתקציבי הממשלה, חסמים בירוקרטים (עיכובים בהליכי תכנון ובאישור), מצבן הכלכלי הגרוע של הרשויות הערביות, ליקויים בתקשורת וגילויי חוסר אמון בממסד.
במהלך העשור 2005-1995 התקבלו 7 החלטות ממשלה בנוגע לתוכניות פיתוח לאזרחים הערביים, הכוללות פרויקטים מתוקצבים לביצוע במהלך תקופת זמן מוגדרת, עד שנת 2008. מדובר בחמש תוכניות שונות, על-פי חלוקה מגזרית: תוכנית רב שנתית ליישובים הדרוזים והצ'רקסים (99-95), תוכנית ליישובים הבדואים בצפון (1999-2003) תוכנית "ארבעת המיליארד" לפיתוח היישובים הערביים (2001-2004), תוכנית פיתוח ליישובים הבדואים בנגב (2003-2008) ותוכנית לפיתוח היישובים הבדואים החדשים בנגב (2005-2008).
לטענת מחברי הדו"ח, תוכניות אלה יצרו מחויבות ממשלתית לביצוע הפרויקטים הספציפיים בתחומים השונים, ומחויבות תקציבית לפרקי זמן נתונים. התקציבים בתוכניות התבססו הן על איגום תקציבים קיימים, והן על תוספת תקציבית ממשרד האוצר, המהווה הגדלת חלקה היחסי של האוכלוסיה הערבית בעוגת התקציב (תוספת שנעה בטווח שבין 20% ל-40% מתקציב התוכניות השונות).
תוכנית הפיתוח לבדואים בצפון (החלטת ממשלה 4464), שהופעלה בשנים 2003-1999 והוארכה עד 2005, כללה פרויקטים בהיקף של 614 מיליון שקל, מתוכם תוספת תקציבית ממשרד האוצר של 121 מיליון שקל. סכום הביצוע בפועל עמד על 541 מיליון שקל (87.8%), המהווה שיעור ביצוע גבוה למדי.
התוכניות ליישובים הבדואיים בדרום כללו את החלטה מספר 881 לפיתוח יישובים קיימים בשווי 1.084 מיליארד שקל (מהם 239 מיליון כתוספת תקציבית) בשנים 2008-2003, אך רק חמישה ממשרדי הממשלה החלו עד סוף שנת 2004 ביישומה. בשנת 2005 הוקצו 210 מיליון שקל לתוכנית זו. במסגרת התוכנית ליישובים הבדואים החדשים בנגב (החלטת הממשלה 3959), הוחלט להקציב 387 מיליון שקל, מהם 156 מיליון שקל כתוספת תקציבית חדשה.
תוכנית "ארבעת המיליארד", לפיתוח 73 יישובים ערביים (החלטה 2467), התייחסה לסכום של 3.95 מיליארד שקל בשנים 2004-2001. עקב קיצוצים במהלך התקופה, הופחת הסכום ל-3.15 מיליארד שקל (80% מהתקציב המקורי). מתוכו, רמת הביצוע עמדה על 87%. כלומר: בפועל בוצעו פרויקטים בשווי 2.73 מיליארד שקל, המהווים 69.4% מהתקציב המקורי. משרדי השיכון והתמ"ת אופיינו בשיעורי ביצוע נמוכים יחסית (74% ו-72% בהתאמה), בניגוד למשרד התשתיות הלאומיות ומשרד התחבורה, שהתאפיינו בשיעורי קיצוץ נמוכים ואחוזי ביצוע גבוהים (98% ו-99%, בהתאמה).
הרעיון המקורי בהחלטה על תוכנית זו היה להכפיל את סכום ההקצאות של משרדי הממשלה לפיתוח היישובים במגזר הערבי מ-2 מיליארד ל-4 מיליארד שקל בפרק זמן מוגדר של 4 שנים. אולם מעשית, לאחר הקיצוצים השונים, הסתכמה התוספת התקציבית ב-738 מיליון שקל, סכום המהווה 37% בלבד מהתוספת התקציבית המקורית (שני מיליארד) שתוכננה לשנים 2004-2001.
במסגרת התוכנית זו הוחלט על פיתוח שכונות חדשות ביישובים ערבים, שייבנו בבנייה ציבורית רוויה בהיקף של כ-5,000 יח"ד. ליעד זה סומנו 120 מיליון שקל, אך בפועל ההוצאה התקציבית בסעיף זה בשנים 2001-2003 הסתכמה ב-7.9 מיליון שקל בלבד. הגורם העיקרי לאי ביצוע הפרויקט הוא עיכוב במסירת ההרשאות לתכנון. כמו כן, לא בוצע כלל הסעיף לפיתוח שכונות חדשות בבנייה קבלנית רוויה, על אדמות פרטיות.
לעומת זאת, התקדמות מרשימה נרשמה בביצוע מערכות ביוב פנימיות ביישובים הערביים בשנים 2004-2002. מסקר שנערך ב-2004 עולה, כי מערכת הובלה פנימית מלאה או כמעט מלאה קיימת ב-33% מהיישובים הערביים, בהשוואה ל-15.5% מהיישובים ב-2002. סך התקציב שסומן לעניין במסגרת התוכנית עמד על 387 מיליון שקל, ונוצל כמעט לחלוטין. אולם, עמותת סיכוי מדגישה כי ייצובן הכלכלי של הרשויות הערביות וביסוס מנגנונים להעמקת הגבייה של היטלי ביוב הם תנאים ליכולתן של הרשויות לתחזק את המערכות, ולהבטיח שההשקעה לא תרד לטמיון.
קיפאון וחוסר התקדמות ניכרים ביישום ההחלטות הנוגעות לפיתוח אזורי תעסוקה. במהלך התקופה 2004-2001 לא הוקם אף אזור תעשייה חדש ביישוב ערבי. מתוך 120 מיליון שקל שהוקצו לכך במסגרת תוכנית ארבעת המיליארד, בפועל נוצלו כ-40 מיליון שקל בלבד, וזאת בעיקר בשל קיצוצים בתקציבי הפיתוח בתמ"ת.
לפיתוח אזורי מלאכה ושירותים תוקצבו 80 מיליון שקל, אך מתוכם בוצעו פרויקטים בשווי 18 מיליון שקל (22% מהתקציב המקורי). ההחלטה על צירוף רשויות ערביות למינהלות אזוריות של אזורי תעשייה מרחביים טרם בוצעה.
במסגרת כלל החלטות הממשלה השונות סומנו תקציבים לבניית 2,360 כיתות לימוד במהלך העשור 2008-1999, בכל רחבי המגזר הערבי. עד 2004 נבנו רק 709 כיתות מתוך 1,545 שתוכננו (רמת ביצוע של 40%). כיום חסרות במגזר הערבי 1,800 כיתות, ומשרד השיכון אמור לבנות בין השנים 2008-2005 עוד 1,419 כיתות לימוד נוספות, מספר הכולל את 836 הכיתות שבנייתן טרם בוצעה עד 2004.