חת השאלות המעניינות בדיני המיסים היא, האם ניתן לייחס את השבח הנובע ממכירת מקרקעין על-ידי חברה משפחתית לנישום המייצג. כזכור, סעיף 64א לפקודת מס הכנסה קובע, כי הכנסתה החייבת והפסדיה של חברה משפחתית ייחשבו כהכנסתו והפסדיו של הנישום המייצג (בעל הזכות לחלק הגדול ביותר ברווחי החברה).
מכאן, שהמיסוי של חברה משפחתית הוא מיסוי חד-שלבי על-פי שיעור המס החל על היחיד, להבדיל מהמיסוי הדו-שלבי החל על הכנסותיה של חברה רגילה. נשאלת השאלה, האם סעיף 64א חל גם על שבח מקרקעין? אם התשובה לכך חיובית, התוצאה תהא שחבות המס על השבח של חברה משפחתית תהא בשיעור המס החל על יחיד, ודיבידנד שיחולק מהשבח לא ייחשב כהכנסה חייבת בידי הנישום המייצג ולא ימוסה על ידו.
המונח "הכנסה חייבת" מוגדר בסעיף 1 לפקודה כסך הכנסתו של אדם מן המקורות המפורשים בסעיפים 2 ו-3, בצירוף סכומים שנקבע לגביהם בכל דין שדינם כדין הכנסה. בסעיף 48ב בחוק מיסוי מקרקעין נקבע, כי לעניין שיעורי המס והזיכויים ממנו, יראו את השבח כחלק מההכנסה החייבת במס הכנסה. פסיקת בתי המשפט, שניתחה הוראת חוק זו, נקטה פרשנות מצמצמת ולא ראתה בשבח כחלק מההכנסה החייבת לכל דבר ועניין, אלא רק לעניין שיעור המס והזיכויים.
כך, למשל, בפס"ד ניר יוסף, שסקר באריכות את התפר שבין פקודת מס הכנסה לבין חוק מיסוי מקרקעין, נקבע, כי שבח מקרקעין לא ייחשב כחלק מההכנסה החייבת לעניין חישוב נפרד או מאוחד של בני זוג. גם בפסקי דין נוספים (קנדה דיבלופמנט ע"א 731/79, גיבור סברינה ע"א 5246/91) נקבע כי הוראת סעיף 48ב לחוק חלה רק לעניין שיעור המס והזיכויים.
עם זאת, בהוראת ביצוע של רשות המסים הנוגעת לחברה משפחתית, נקבע כי "יש לפרש את המושג הכנסה במובנה הרחב, הכולל גם שבח מקרקעין. פירוש מצמצם מעוות את כוונת המחוקק ויוצר בעיות סבוכות בהליכי השומה ובחישובי המס".
מהאמור לעיל עולה, כי מחד אין לראות בשבח "הכנסה חייבת" לכל דבר ועניין, אלא לעניין חישוב שיעורי המס והזיכויים ממנו. מאידך, ניתן להבין מהוראת הביצוע של רשות המסים, כי שבח מקרקעין של חברה משפחתית עשוי להיחשב כחלק מהכנסתה החייבת, וככזה ייוחס לנישום המייצג באופן שיחול עליו שיעור המס החל על היחיד, ולא המיסוי הדו-שלבי החל על חברה.
עד כה עמדתה של רשות המיסים לא היתה ברורה, ולרוב נקטו פקידי השומה בעמדה שונה מזו הנובעת מהוראת הביצוע הנ"ל. ברם, לאחרונה חל שינוי בעמדת רשות המסים ופניותיהם של נישומים לקבל אישור, כי הכנסה משבח מקרקעין בחברה משפחתית תיוחס לנישום המייצג, נענות בחיוב.
נציין כי השאלה מתחדדת כאשר קיים פער גדול בין שיעור המס החל על החברה לבין שיעור המס החל על בעל המניות היחיד. למשל, כאשר בעל המניות זכאי ליהנות משיעור מס היסטורי והחברה אינה זכאית לכך.
שינוי זה בעמדת רשות המיסים פותח אפשרות ליהנות משיעור המס החל על יחיד בגין הכנסותיה השוטפות של החברה המשפחתית, לרבות הכנסותיה משבח מקרקעין.