בג"ץ החליט היום (ד') כי ניתן לחדש באופן מיידי את העבודות להקמת מוזיאון הסובלנות של שמעון ויזנטל במרכז ירושלים, למעט שטח של 12% ממנו, עליו מצויים קברים מוסלמיים. לגבי שטח זה הוחלט כי יש לקבוע בתוך 60 יום, בתיאום עם רשות העתיקות והמשרד לשירותי דת, חלופה ראויה לטיפול בשרידי הקברים. דהיינו, העתקתם למקום אחר או בניית "רצפה צפה", שהחלל שייווצר בין הרצפה לבניין לא יפגע בקברים. בג"ץ הבהיר כי לאחר קביעת החלופה, ניתן יהיה להמשיך את העבודות גם בשטח זה.
לאחר השלמת תהליכי התכנון של המוזיאון התגלו במתחם שרידי קברים עתיקים. בעקבות הגילוי, הגישה חברת אלאקסא עתירה להפסקת העבודות בטענה לחילול בית-הקברות המוסלמי במקום.
פסק הדין - שנכתב על-ידי השופטת איילה פרוקצ'יה בהסכמת השופטים עדנה ארבל ודוד חשין - מתייחס לעובדה כי במשך 50 שנה שימש המקום כחניון רב-מפלסי לרכב ועד כה לא הוגשו כל הסתייגויות בעניין. עוד קובע פסק הדין, כי כנגד הערך החוקתי של כבוד המת, יש להתחשב באינטרסים ציבוריים חיוניים הבאים לענות על הצרכים המשתנים של החברה, צרכי הפיתוח העירוני וכן לתת משקל ראוי לזכות הקניין הפרטי של בעל הקרקע.
השופטת ארבל ציינה כי קשה להשתחרר מהתחושה כי בעלי המיזם המבקשים לקדם את רעיון כבוד האדם והסובלנות לא עשו די כדי להגיע לפיתרון מוסכם עם העותרת. השופט חשין התייחס לאחת מטענות העותרת, לפיה קיים יחס של אפליה בין בתי-קברות יהודיים ומוסלמיים. הוא הציג מספר מקרים בישראל ומחוץ לה, בהם נעשתה בנייה במקומות ששימשו בתי-קברות יהודיים, בדרך-כלל בהסכמתם של רבנים ופוסקי הלכה. לדבריו, ההלכה מאפשרת פינוי קברים או בנייה מעליהם במקרה שהצורך הציבורי מחייב זאת.
מרכז שמעון ויזנטל יוצג על-ידי עוה"ד רנאטו יאראק ושירה לוריא חי-עם ממשרד מ. פירון ושות', וכן על-ידי עו"ד משה ליפשיץ ממשרד סלומון ליפשיץ ושות', ועוה"ד עודד ברי ויואב נרי.(בג"ץ 52/06).