כשבוחנים את נתוני השכר בקופות החולים, מגלים כי שירותי בריאות כללית ראויה לציון חיובי. העובדה שהיא מנהלת 11 בתי חולים, שם השכר לרופאים נקבע על ידי הסכמים קיבוציים שלא תלויים בקופה, הביאה את הנהלת הכללית להקפיד מאוד על שכר שקול ומתון לבכירים שאינם רופאים. כך למשל, למרות שהכללית נחשבת לקופה הגדולה במדינה עם כ-53% מבוטחים מקרב האוכלוסייה ומעל 32 אלף עובדים, שכרו של המנכ"ל לשעבר, זאב וורמברנד, עמד על 60,644 שקל.
לצורך השוואה, מנכ"ל קופ"ח מכבי לשעבר, פרופ' שוקי שמר, מרוויח 64,008 שקל בחודש, על אף שמכבי מבטחת רק רבע מהאוכלוסייה בישראל - פחות מחצי ביחס לכללית. הדוגמה של קופת חולים מאוחדת מובהקת עוד יותר, כאשר על אף שהיא נחשבת לקופה קטנה המבטחת כ-11% מהאוכלוסייה בלבד, שכרו של המנכ"ל שמואל מועלם עומד על 80,132 שקל בחודש, ואילו עלות שכרו היא הגבוהה ביותר במגזר הציבורי: 106,646 שקל בחודש.
בכירים נוספים במאוחדת מרוויחים גם הם יותר ממנכ"ל הכללית וממנכ"ל מכבי: מנהל הכספים במאוחדת, גיל חיימוביץ', מרוויח 66,297 שקל בחודש, ומבקר הפנים, דוד סומך, מרוויח 64,797 שקל בחודש. רק לשם השוואה: סמנכ"ל הכספים בכללית מרוויח 45 אלף שקל - 21 אלף שקל פחות ממקבילו במאוחדת.
גם כשבוחנים את השכר הממוצע לכלל בעלי השכר הגבוה בקופות החולים, מגלים שהכללית צנועה יחסית, עם עלות העסקה ממוצעת של 45,378 שקל בחודש. אפילו בקופ"ח לאומית הקטנה השכר הממוצע לבעלי שכר גבוה עומד על 46,385 שקל. במכבי הוא עומד על 47,938 שקל ובמאוחדת, אין חדש - 48,162 שקל.
הנהלת הכללית מתמודדת כעת עם בעיה חדשה: פסיקת בוררות מחייבת שנקבעה לאחרונה אמורה להביא לתוספת שכר של 24.2% לציבור הרופאים עד שנת 2010, כאשר המדינה מפצה את הכללית רק בגין תוספת של 5%. נתון זה צפוי להקפיץ את הרופאים הבכירים עוד יותר גבוה בטבלת שיאני השכר, אך ליצור כאב ראש גדול במיוחד לאלי דפס ולאנשי הכספים שלו.
לא מן הנמנע כי הדבר יחייב צמצום בכוח האדם המנהלי בקופה, אולם מהלך שכזה מחייב את הסכמות ועדי העובדים בקופה, שזוכים לגיבוי ההסתדרות - לה נציגות לא מבוטלת בדירקטוריון הקופה.