בית המשפט לעניינים מינהליים בירושלים אישר את החלטת רשם העמותות, לפיה אם איגוד הג'ודו לא יחתום על תוכנית הבראה מתוקנת, העמותה לא תקבל אישור ניהול תקין ל-2009. כפי שטען איגוד הג'ודו בעתירתו, אי-חידוש האישור משמעותו "ייבוש מוחלט של המקורות הכספיים של האיגוד, וכפועל יוצא מכך שיתוק מיידי של כל פעילות איגוד הג'ודו".
בפסק הדין נמתחה ביקורת קשה על התנהלות האיגוד. "מהחומר שבפניי", קבעה סגנית הנשיא יהודית צור, "מצטיירת תמונה קשה וחמורה ביותר ביחס לדרך התנהלותו של האיגוד, שנראית כפסולה בכל ההיבטים האפשריים: הן מבחינה כספית וחשבונאית, הן מבחינת ניגוד עניינים ממשי וחריף, והן מבחינת הכללים והעקרונות היסודיים של ניהול ארגוני תקין".
לדבריה, "הדבר חמור במיוחד, נוכח העובדה כי מדובר בעמותה הממלאת תפקיד בעל חשיבות מיוחדת לציבור בארץ בכלל ולספורטאים בפרט. נדמה, כי התנהלות האיגוד מנוגדת לא רק לעקרונות של מינהל ציבורי תקין, אלא גם לערכים בסיסיים של ספורט, כגון שוויוניות, הגינות, אדיבות וכבוד, שדווקא אותם אמור היה האיגוד לקדם. חמורה במיוחד העובדה כי האיגוד מסרב להפנים כי התנהלותו לקויה ופגומה, ובמקום זאת נוטה להתייחס אליה בשוויון נפש ובקלות ראש".
תקציב איגוד הג'ודו עמד אשתקד על 4.7 מיליון שקל, כשתקציב המתוכנן לשנה הקרובה עומד על כ-6 מיליון שקל. רוב הכסף (כ-85%), שתלוי בקבלת האישור, מגיע מהמדינה - הטוטו, מינהל הספורט והוועד האולימפי.
רשם העמותות דרש מהאיגוד לחתום על הסכם למינוי מנהל מלווה חדש (עו"ד נמרוד טפר במקום עו"ד יהודה טלמון) ולחתום על תוכנית הבראה חדשה, משום שלא אימץ נהלי עבודה תקינים והוא סובל מריכוזיות יתר. האיגוד גייס את רשם העמותות לשעבר, עו"ד עמירם בוגט, שיחד עם עו"ד ענת שניידר-שוסטק טען כי הרשם חרג מסמכותו כשהתנה את מתן האישור בהסכמה למינוי מנהל מלווה.
השופטת צור דחתה את טענת האיגוד, לפיה החלטת הממשלה משנת 1998 המתנה מתן תמיכה ממשלתית בקבלת אישור ניהול תקין מרשם העמותות, מסמיכה את הרשם לבחון רק אם העמותה הגישה לרשם את המסמכים כדין ואם כל נכסיה משמשים למטרה לשמה הוקמה.
כן נדחתה טענת האיגוד, כאילו הליקויים העיקריים שנמצאו בדו"ח הבדיקה של הרשם נוגעים בעיקרם לריכוזיות השליטה באיגוד. "הליקויים הרבים והחמורים שנמצאו בדו"ח נוגעים לכל ההיבטים האפשריים של ניהול לא תקין", קבעה צור, ובהם התנהלות כספית וחשבונאית לקויה ("כאוס בכל הנוגע לציוד האיגוד ונכסיו, שימוש לא תקין בכספי משלחות לחו"ל, היעדר אישורים נדרשים לשכר העובדים ועוד"), פעילות בניגוד למטרות האיגוד, הפרת כללים בסיסיים של מינהל תקין (היעדר נהלים וקריטריונים, חוסר בפרוטוקולים ופעילות נקמנית מול כל מי שמעז לדבר, לדרוש או להעיר על ההתנהלות), היו"ר אדי קואז פועל בניגוד עניינים (האיגוד מעדיף בעקביות את אגודות ג'ודוקאן שברשות קואז, הן בהעברת כספים וציוד והן בקידום ותמיכה של ספורטאים מאגודות אלה בלבד) ועוד.
הדברים, קבעה השופטת, הם "חמורים ביותר ומצביעים על כשל בסיסי בניהולו ותפקודו של האיגוד לאורך זמן". לכן החלטת הרשם למנות לאיגוד מנהל מלווה ולהתנות את האישור לניהול תקין בביצוע תוכנית ההבראה, היא "מוצדקת, ראויה ואף הכרחית". (עת"מ 1001/09).