רשות המסים הגיעה להסכם שומה עם דניה סיבוס , במסגרתו ייפסקו ההליכים הפלילייים נגד החברה ובכירים בה, ובראשם מנכ"לה לשעבר, עופר קוטלר, כיום מנכ"ל שיכון ובינוי - בחשדות לעבירות מע"מ.
על-פי הסכם השומה, תשלם החברה את מלוא המס שנקבע לה על-פי השומה בגובה 2.4 מיליון שקל, ותהיה זכאית להפחית מסך העסקאות את המע"מ בגין סכומים שיוכרו כחובות אבודים של החברה, בדו"ח התקופתי הראשון שלאחר ההכרה בחובות האבודים.
במסגרת ההסכם, כאמור, התחייבה רשות המסים שלא לנקוט הליכים פליליים נגד החברה ועובדיה ולסיים את הליכי החקירה שהתנהלו. קוטלר וכן סמנכ"ל הכספים, יצחק חברון, וחשב החברה, דורון אמיר, נחקרו בזמנו בחשד להעלמת מס ואי-דיווח על עסקאות בסך 70 מיליון שקל עם חברות בקבוצת חפציבה. חפציבה נחשבה ללקוח מהותי של דניה סיבוס, ועל-פי החשד, השלושה היו מעורבים באי הוצאת חשבוניות מס, העלמת הכנסות ואי-דיווח על עסקאות עם חפציבה.
בהודעה שהוציאה בזמנו דניה סיבוס לבורסה, היא ציינה כי "כי נושאי משרה בהנהלת החברה זומנו לחקירה על-ידי רשויות מס ערך מוסף בקשר להתנהלות של החברה מול קבוצת חפציבה. החברה שיתפה ותמשיך לשתף פעולה עם רשויות החקירה". עוד הודיעה החברה בזמנו כי להערכתה, "לא צפויה לחברה חשיפה כספית מהותית נוספת מעבר לנתונים שדווחו על-ידי החברה עד כה, בדו"ח הקודם".
עובדת גיבוש ההסכם בין דניה סיבוס לרשויות המס עולה מדו"חותיה האחרונים של החברה. בדו"חות מציינת החברה כי התנהלה נגדה חקירה בנושאים הנוגעים לשאלת עיתוי הוצאת חשבונית בגין פרוייקטים שנבנו בשנים האחרונות. בספטמבר 2008 נמסרה לחברה הודעה מטעם רשויות מע"מ על ערכית שומה על-פי מיטב השפיטה בגובה של כ-2.4 מיליון שקל. החברה הגישה השגה על השומה, ובפברואר 2009 הגיעו החברה ומע"מ להסכם ביניהם.
דניה סיבוס