ארבע שנים לאחר ביקורת קודמת של מבקר המדינה, טרם הסתיימו הפעולות להפסקת פעילותו של בנק החקלאות. בשנים אלה הוכפלו הפסדי הבנק מפעולות רגילות והגיעו ל-203 מיליון שקל, כאשר הבנק הפסיד כ-11 מיליון שקל בחודש בממוצע, ובשנת 2007 בלבד 17 מיליון שקל בחודש בממוצע.
המבקר סבור כי כשלון המדינה בטיפול בבנק החקלאות נובע מכך שרשות החברות הממשלתיות ואגף החשב הכללי במשרד האוצר לא השכילו לעבוד בשיתוף פעולה מלא. "עמדותיהם הסותרות והאשמותיהם ההדדיות בעניין האחריות לעיכוב הרב בהליכים לסיום פעילות הבנק מלמדות על אי שיתוף הפעולה", טוען המבקר בדו"ח.
נוכח ההפסדים הניכרים שנגרמו ונגרמים לקופת המדינה מהמשך פעילותו של הבנק והאפשרות שההכנסות מגביית החובות שבתיק האשראי של הבנק יצטמצמו בשל חלוף הזמן, העיר המבקר לאגף החשכ"ל ולרשות החברות הממשלתיות כי "מן הראוי שיזרזו מאוד את פעולותיהם תוך שיתוף פעולה וישלימו אותן בהקדם". למרות זאת, שני הגופים לא נקטו את כל הצעדים המתחייבים מההמלצה.
המבקר מתאר כי מאז ספטמבר 2004, המועד שבו חידשו הרשות ואגף החשכ"ל את פעולותיהם להפרטת הבנק, ועד גיבוש ההחלטה סופית בדבר הדרך המועדפת לכך, חלפו כשנתיים וחצי ובמהלכן שונו ההחלטות בנושא כמה פעמים. בספטמבר 2005 אישרה ועדת השרים לענייני הפרטה דרך אחת, כשבינואר 2006 הקימו הרשות ואגף החשכ"ל צוות משותף לשם קידום הפרטת הבנק בדרך האמורה.
ביוני 2006 המליץ הצוות על דרך שונה להפסקת פעילות הבנק אך במאי 2007 חזר בו הצוות והציע דרך אחרת. התמשכות הטיפול בנושא נבעה, בין היתר, מניהולו האיטי על ידי אגף החשכ"ל ומשינוי ההחלטות שקיבל הצוות בראשותו, המשותף לאגף ולרשות.
ממועד ההחלטה של הצוות על הדרך השלישית להפסקת פעילות הבנק (מאי 2007) ועד אישור דרך פעולה זו בוועדת השרים (במארס 2008) חלפו כעשרה חודשים נוספים. יתרה מזו, רק בסוף ספטמבר 2008 כונסו אסיפת נושים ואסיפה כללית מיוחדת של בעלי מניות הבנק והתקבלו בהן ההחלטות הדרושות לביצוע הדרך השלישית להפסקת פעילות הבנק - פירוק הבנק מרצון ומינוי מפרק. למרות זאת, כותב המבקר, בנובמבר 2008 עדיין לא הייתה בידי הרשות ואגף החשכ"ל תוכנית עם לוח זמנים להשלמת כל המתחייב בעניין סיום פעילותו של בנק החקלאות.