על אף הרעש התקשורתי שיצר ביקורו של האפיפיור בישראל, הוא עדיין שנוי במחלוקת: רק 33% מהחשיפה התקשורתית שקיבל הביקור היתה חיובית. מבדיקה שערכה ''יפעת מחקרי מדיה'' בנושא הסיקור התקשורתי של ביקורו בישראל, עולה כי שווי החשיפה התקשורתית הינו כ-3.3 מיליון שקל (160 כתבות), במשך 6 ימים בלבד.
עוד עולה מהנתונים כי 24% מהחשיפה התקשורתית של הביקור היתה שלילית, ו-43% מהחשיפה התקשורתית היתה נייטרלית.
נתי יעקובי, מנכ''ל ''יפעת מחקרי מדיה'', אומר כי ''מהמחקר עולה כי עיתון 'מקור ראשון' מהמחנה הדתי-לאומי היה העיתון שהתייחס הכי הרבה לביקור האפיפיור עם 16 כותרות ב-6 ימים, והביקורת הגדולה ביותר לביקור האפיפיור היתה בעיתונות החרדית שהבליטה את מוצאו הגרמני של האפיפיור ויצאה כנגד העובדה שהוא ענד צלב בביקורו בכותל".
מהמחקר עולה כי עיתון "הארץ" היה המפרגן ביותר לביקור האפיפיור, והבליט ציטוטים של בנדיקטוס ה-16 שנגעו לפיוס בין העמים. לעומתו, כאמור, בלטו העיתונים הדתיים בסיקור ביקורתי יותר: חלקם הבליטו את מוצאו הגרמני של האפיפיור ויצאו כנגד העובדה שהאפיפיור ענד צלב בביקורו בכותל.
מהניתוח עולה כי הסיקור התקשרותי של הביקור אינו מלמד על מגמה חד-משמעית לחיוב או לשלילה, ולמעשה הוא היה ונותר שנוי במחלוקת.
לדברי יעקובי, "הביקור סוקר בווליום גבוה בעיתונים הפופולרים ובטונים צורמים לעיתים. לצד כותרות חיוביות כמו מסרי השלום והפיוס של האפיפיור והבטחתו לסייע בנושא שליט, היו לא מעט התייחסות שליליות בתקשורת לביקור בשל נאום האפיפיור ביד ושם, במסגרתו הגדיר את הנרצחים בשואה כהרוגים ולא התנצל על שתיקת הכנסייה בשואה".