בג"ץ פסק כי תפקיד "סגן נשיא בית משפט" אינו "משרה לשם כבוד אלא משרה שעל נושאה לבצע משימות שיפוטיות וניהוליות, בנוסף למשימות המוטלות על שופט מן המניין" - ולכן אין למנות שופטים לסגני נשיאים רק כדי לפתור את מגבלות אופק הקידום ודרכי התגמול (תוספת שכר ממוצעת של כ-3,400 שקל).
בג"ץ דחה את עתירת התנועה לאיכות השלטון נגד מינוי 12 סגני נשיא לבית המשפט המחוזי בתל-אביב. התנועה דרשה גם לחייב את שר המשפטים לקבוע נהלים שיסדירו את שיטת קידום השופטים לתפקידי סגן נשיא. העתירה נבעה ממינויים של 7 סגני נשיא למחוזי בתל-אביב ביולי 2006, בנוסף ל-5 הסגנים הקיימים.
חוק בתי המשפט קובע כי סגני הנשיא ייבחרו על-ידי שר המשפטים בהסכמת נשיא העליון, אך אינו קובע במפורש את דרכי המינוי, התכליות המובהקות להן הוא נועד, מספר סגני הנשיא הראוי, הכשירויות הנדרשות מהם וכו'. לכן היו פערים גדולים בין מספר סגני הנשיא בבתי המשפט השונים, מבלי שהיה לכך הסבר ענייני.
בתגובתה הראשונית טענה המדינה כי המינויים שירתו שתי מטרות: חלוקת נטל העבודה האדמיניסטרטיבי והשיפוטי המוטל על כתפי הנשיא בינו לבין סגניו; והצורך לייצר אפיק קידום פנימי לשופטים, משום שהאפשרות לקדם לערכאה גבוהה יותר מוגבלת מטבע הדברים. כן הודיעה כי יחס של סגן נשיא אחד מול 4 שופטים הוא יחס הולם, המשקף נכונה את הצרכים המערכתיים.
חוק הקדנציות
בינתיים התקבל "חוק הקדנציות" שיזם שר המשפטים הקודם, דניאל פרידמן, המגביל את כהונת הנשיאים וסגניהם ל-7 שנים. הנהלת בתי המשפט יצרה מעמד חדש של "שופט בכיר", שאין בו פונקציה ניהולית.
בהודעה משלימה שהגישה המדינה נאמר כי מעמד זה יוחד לנשיאים וסגנים שכהונתם תמה ושבו לכהן כשופטים מן המניין, ובנוסף הוא ישמש לפתרון בעיית הקידום הפנימי. כך יקבלו את הדרגה 25 שופטים שלא כיהנו כסגני נשיא. הם ימונו על-פי ותק, ניסיון ומידת תרומתם למערכת השיפוט. שכרם יהיה כשכר בסיס של סגן נשיא, למעט תוספת ניהול שלא תשולם להם.
במקביל, יושלם עד 2012 איוש התקן של 93 סגני נשיא בערכאות השונות. בבתי המשפט הגדולים ייקבע יחס של סגן נשיא אחד לכל 7 שופטים. כל אחד מהסגנים יהיה אחראי על תחום משפטי מוגדר: פלילי, אזרחי, מינהלי, תעבורה, משפחה ועניינים מקומיים. כן ישמש סגן נשיא בתפקיד אחראי על המזכירויות בבית המשפט.
הקריטריונים לבחירת הסגנים יתבססו על התאמת המועמד לתפקיד ניהולי, רמתו כמשפטן, הוותק השיפוטי שלו וחוות-דעת נשיא בית המשפט בו הוא מכהן. המדינה הצהירה כי לא תשתמש עוד בתפקיד סגן הנשיא לצורכי קידום פנימי.
צרכים תפקודיים
השופטת אילה פרוקצ'יה, בהסכמת מרים נאור ואליקים רובינשטיין, דחתה את העתירה נוכח הכרת המדינה בצורך בתיקון המצב, ובקביעת כללים מפורטים שיגדירו את מכלול הפרטים הקשורים בהליכי מינוי הסגנים. היא העירה כי מינוי הסגנים ייעשה על-פי הצרכים התפקודיים הממשיים של כל ערכאה, ולכן אין לקבוע יחס קבוע מראש של מספר סגני נשיא לעומת מספר שופטים.
העתירה נדחתה משום שבינתיים פרשו חלק מהסגנים במחוזי בתל-אביב, ומשום שנקבע כי התופעה אינה ייחודית לשם. "אין מקום לבטל מינויים בבית משפט אחד, ולהותיר על כנם מינויים דומים בבתי משפט אחרים, בלא אבחנה עניינית ראויה. פגיעה בקומץ בעלי כהונה מבין קבוצה גדולה לא תשרת את שורת הצדק וההגינות, ולא יהא בה מן האיזון והמידתיות הראויים", נקבע. (בג"ץ 8691/06).