קופת חולים לאומית היא השיאנית השלילית מבין ארבע קופות החולים, בכל הקשור לשיעור הקבילות שהוגשו נגדה מצד הציבור, ביחס לגודל הקופה. כך עולה מדו"ח נציב קבילות הציבור של משרד הבריאות לשנים 2007-2008, המתפרסם הבוקר (ה').
קופת חולים מאוחדת ניצבת שנייה אחרי לאומית עם מספר קבילות גבוה יחסית, אחריה ניצבת שירותי בריאות כללית, ואילו מכבי שירותי בריאות היא המצטיינת של הדו"ח, עם הכי פחות קבילות ביחס לגודל הקופה. גם כשבוחנים את מספר הקבילות שנמצאו מוצדקות בכל קופה, מגלים תוצאות דומות: נגד לאומית נמצאו הכי הרבה קבילות מוצדקות (2.09 קבילות מוצדקות לכל עשרת אלפים מבוטחים), אחריה ניצבות מאוחדת והכללית, ומכבי שוב המצטיינת עם 0.68 קבילות מוצדקות בלבד לכל עשרת אלפים מבוטחים.
מנכ"ל מכבי, ד"ר אהוד קוקיה, בירך על פרסום הדו"ח ואמר: "אנו שמחים להיווכח ששביעות הרצון של חברי מכבי היא גבוהה וחשוב לנו להמשיך ללמוד מכל תלונה כדי להשתפר עוד יותר". בקופת חולים לאומית טענו כי רבות מהתלונות שהתקבלו היו בעניין בדיקות הדמיה, ואילו בשנת 2009 הקופה החלה בשינוי אדמיניסטרטיבי של האגף הרפואי מתוך מטרה לשפר את השירות.
רבות מהקבילות שהתקבלו במשרד הבריאות התייחסו להתנגדותן של קופות החולים להעניק למבוטחים תרופות מסוימות, אף על פי שהן קיימות בסל הבריאות. בקטגוריית התרופות מובילה קופ"ח מאוחדת עם מספר גבוה במיוחד של תלונות, ואילו בתחום הטיפולים הפרא-רפואיים מכבי מובילה עם הכי הרבה תלונות. הכללית מובילה בכל הקשור למספר הגבוה של תלונות בתחום מתן אפשרויות בחירה של רופאים. על פי נציבת הקבילות, אתי סממה, הכללית קשוחה במתן אפשרויות בחירה משום שהיא בעלת בתי חולים ומכונים רבים, ולכן היא מעדיפה לשלוח את מבוטחיה אל מוסדות שבבעלותה.