החקירה נוהלה על-ידי רפ"ק יצחק שופן ביאח"ה, והוא המליץ בפני הפרקליטות כבר ב-2008 על הגשת כתבי אישום ב-3 הפרשיות. גורם בכיר בפרקליטות טוען בשבועות האחרונים כי היה צריך לזרז את קבלת ההחלטה אם להעמיד את רוב לדין, כדי למנוע אי-נעימות ובעיה של מראית עין עם כניסתו של עו"ד יהודה וינשטיין לתפקיד היועץ המשפטי לממשלה, משום שוינשטיין ייצג את רוב בחקירות נגדו, והוא מנוע כעת כיועמ"ש מלטפל בתיקים אלה.
טיוח חקירות
התיקים נגד רוב עוסקים בשורה של פרשיות, בהן טענו 15 חוקרים ומבקרים ביחידת החקירות מכס-מע"מ כי בתוך יחידת החקירות היתה תופעה של התערבות פסולה וטיוח חקירות שעסקו במקורבים:
* פרשת היכל הספורט ביד-אליהו: נחקר חשד כי רוב סייע למקורבו, ניר פרצלינה, מנכ"ל חברת היכלי הספורט, כשהעניק לו הפחתה פסולה של מס במאות אלפי שקלים. בתיק זה מסרו עדויות מפורטות אנשי המקצוע מרשות המסים שערכו את תיק הביקורת והביעו תרעומת על אופן הטיפול בתיק מצד רוב.
* פרשת דובק: נחקר חשד להתערבות פסולה מצד רוב בהפחתת חיוב מס של חברת דובק בכ-30 מיליוני שקל. בתיק זה מסרו עדויות גורם ביקורת ברשות המסים ושני יועצים משפטיים של יחידת הביקורת במס קנייה תל-אביב.
* פרשת צביקה בארינבוים: נחקר חשד כי רוב התנהל באופן חריג במהלך הכנת תיק חקירה נגד בארינבוים בחשד לחשבוניות מס פיקטיביות, על יסוד עדות שנמסרה על-ידי מנפיק החשבוניות. בזמן החקירה הסמויה נפגש רוב עם בארינבוים במסעדה בתל-אביב, במהלכה דובר על אפשרות השתלבותו של רוב בעסקי בארינבוים. בתיק זה נמסרו קלטות ועדויות על-ידי חוקר ועל-ידי עד ראייה לפגישה בין רוב לבארינבוים. בסופו של דבר לא נפתחה חקירה גלויה נגד בארינבוים, והתיק נגדו נסגר.
"רוב פעל ללא רבב"
מטעמו של רוב נמסר: "לכשיתבררו העובדות, יתבהר כי בכל הסוגיות רוב פעל ללא רבב".
מהמשטרה נמסר: "בסיומה של החקירה הועבר תיק החקירה לפרקליטות. תיק החקירה נמצא עדיין בטיפולה של הפרקליטות".
המחלקה הכלכלית בפרקליטות מסרה: "חומר החקירה ב-3 התיקים הועבר לטיפול המחלקה הכלכלית בתחילת פברואר 2009. בימים אלה נמצאים התיקים בשלבים האחרונים לבדיקתם, וטרם התגבשה החלטה באשר להגשת כתב אישום".
"פרשת מוני פנאן מוכיחה את הטיוח"
נגד רוב פורסם ב-2006 דו"ח חמור של מבקר המדינה בנוגע לניגוד העניינים בין תפקידו כמנהל רשות המסים לבין תפקידיו הבכירים באיגוד הכדורסל, כולל כרטיסי חינם שקיבל למשחקי מכבי תל-אביב בהיכל נוקיה.
חלק עיקרי בטענות החוקרים על עצירה וטיוח חקירות עסק בגורמים הקשורים בקבוצת הכדורסל של מכבי תל-אביב. 15 חוקרים ומבקרים ביחידת החקירות המרכזית של מכס-מע"מ פנו למבקר המדינה, מיכה לינדנשטראוס, ולגורמים נוספים, וביקשו להקים ועדת חקירה על המתרחש ביחידת החקירות. מבקר המדינה מסר ("גלובס" 29.10.09) כי משרדו מצוי בעיצומן של בדיקות נרחבות בפרשת טיוח החקירות לכאורה ברשות המסים.
חלק מהתלונות שהגישו 15 החוקרים נסגרו במהירות על-ידי סגן פרקליט מחוז תל-אביב, עו"ד מנחם מזרחי. החוקרים טוענים כי הסגירה נעשתה במהירות בלתי אפשרית יחסית לכמות חומר עצומה. לדבריהם, עברו רק 4 ימים בין הגעת החומר לידי מזרחי לבין החלטתו לסגור אותם.
מעדויות שהושמעו בהליכים משפטיים עולה כי מרבית החוקרים המתלוננים נפגעו בעבודתם, הועברו מתפקידיהם או התפטרו במחאה. מי שייצג את קבוצת ה-15, רפי רותם, סולק מעבודתו על-ידי רוב. החוקרים טוענים כיום כי פרשת מוני פנאן, שהתפוצצה רק אחרי התאבדותו, מוכיחה כי טענותיהם הקודמות לגבי טיוח חקירות היו מוצדקות.
