לאחר הליך של שבע שנים הגיעו עמותת אדם טבע ודין ומכתשים מפעלים כימיים להסכמה שבימ"ש השלום בבאר שבע נתן לה תוקף של פסק דין, הנוגע לקובלנה פלילית שאט"ד הגישה נגד החברה. לאחר מו"מ בין הצדדים, הושג הסכם לפיו יבוטלו כל האישומים שבתיק הקובלנה, ומכתשים והעמותה יבצעו ביחד פרויקט סביבתי. הפרויקט, בסך מיליון שקל, ימומן ע"י מכתשים ויבוצע ע"י אט"ד.
ברקע הדברים קובלנה פלילית שאט"ד הגישה נגד מכתשים ב-2003 וכנגד מנהל המפעל שברמת חובב (דאז), יוסי גולדשטיין, בטענה לגרימת זיהום אוויר בלתי סביר. האישומים בקובלנה נוגעים ל-10 מקרים שאירעו בין השנים 1999-2003, בהם נמדדו לפי טענת אט"ד פליטות של חומרים מסוכנים מארובות המפעל, החורגות מתקני הפליטה המושתים על המפעל במסגרת תנאי רישיון העסק שלו.
הנאשמים טענו שתוצאות מדידות הפליטות בארובות המפעלים אינן תקפות, שכן לא בוצעו עפ"י סטנדרטים מקובלים בעולם. עוד טענו, כי גם אם יימצא שהפליטות חרגו מתקני הפליטה, לא נגרם בכך זיהום אוויר "חזק או בלתי סביר המפריע לאדם בקרבת מקום", כדרישת סעיף העבירה שבחוק למניעת מפגעים. בסופו של דבר כאמור הגיעו הצדדים להסכמה.
אט"ד יוצגה על ידי עוה"ד ציפי איסר איציק, ששימשה עד לאחרונה כמנכ"לית העמותה; עו"ד תמר גנות, ובסיום ההליכים עו"ד אלי בן ארי. הנאשמים יוצגו ע"י עוה"ד עמוס גורן, יואב נהיר ועמית יריב ממשרד מיתר ליקוורניק, גבע & לשם ברנדויין.