"הדירוג הגבוה של איכות המחקר בישראל נובע מההשקעה שנעשתה בעבר. הקיצוצים בתקציב ההשכלה הגבוהה והפחתת שכר הלימוד, בניגוד למגמה העולמית של העלאתו, צפויים לבוא לידי ביטוי בהורדת דירוגה של ישראל בהשוואות הבינלאומיות". כך עולה ממחקר חדש שערכה חטיבת המחקר של בנק ישראל.
לדברי החוקרים, מערכת ההשכלה הגבוהה עברה בשני העשורים האחרונים שינויים רבים: מספר הסטודנטים גדל פי שלושה; הפריסה של המכללות ברחבי המדינה הגדילה במידה ניכרת את הנגישות של ההשכלה הגבוהה, במיוחד בפריפריה; תקציבי ההשכלה הגבוהה נשחקו ריאלית בעשור האחרון - שכר הלימוד לתואר הראשון פחת בהדרגה ב-26%; וצומצמה השתתפות המדינה בתקציבי המוסדות.
כמו כן, בשנים האחרונות, בעטיו של המשבר הכלכלי העולמי, פחתו גם ההכנסות העצמיות של המוסדות מתרומות. בבנק ישראל מסבירים כי מודל התקצוב הקיים ישן, לוקה בחסר ולא נבדק זה 20 שנה. הבעיות הללו משתקפות בעיקר בירידה באיכות המחקר וההוראה.
לנוכח ההתפתחויות הללו ממליצים בבנק ישראל לקובעי המדיניות להגדיל את התקציבים להשכלה הגבוהה, ולהכניס שינויים מהותיים באופן הקצאתם (לשנות את מודל התקצוב), כדי לשפר את תפוקות ההוראה והמחקר, וכך לשמר את יתרונה היחסי של ישראל.
במחקר מוצגים עקרונות לתקצוב יעיל של ההשכלה הגבוהה שראוי ליישם אותם גם בישראל. עקרון אחד קובע כי תקצוב ההוראה צריך לשקף את העלויות האמיתיות, שהן עלויות ההוראה הפרונטאלית, גם במקצועות המצריכים ניסויים. כמו כן, מומלץ לקשר את תקצוב ההוראה לאיכותה, באמצעות סקרים שיבדקו את ההשמות של הבוגרים בשוק העבודה ובאמצעות ועדות בוחנות.
עוד ממליצים בבנק המרכזי שמודל התקצוב ישקף את סדרי העדיפות הלאומיים, ע"י חיזוק תחומי מחקר שבהם יש לישראל יתרון יחסי (כדוגמת המדעים המדויקים) וכאלה שהם ייחודיים לעם היהודי (ובהם ספרות והיסטוריה של עם ישראל).