יחידות ההשתתפות של תנובה, שהוקצו למושבים בתמורה לחלב שסיפקו לחברה, שייכות לרפתנים, חברי המושבים עצמם, והן אינן חלק מהון האגודה (המושב) הכללי - כך קבע היום (ד') בית המשפט העליון, שהכריע בעניינם של המושבים נחלים, באר-טוביה וניר-בנים.
עוד קבע העליון, בהחלטה שניתנה בערעורים על שני פסקי דין של המחוזי, לפיהם מניות תנובה הן רכוש יצרני החלב - לעומת פסק דינו של רשם האגודות השיתופיות, אורי זליגמן, לפיו המניות הן רכוש האגודה - כי החלטת הרשם אינה הגיונית, ולכן דינה להתבטל.
השופט יצחק עמית, בהסכמת השופטים סלים ג'ובראן ואליקים רובינשטיין, ציין כי קיים פער מהותי בין קביעת הבורר, שמינה הרשם לקבוע מי נשא בפועל בתשלום עבור מניות תנובה, לבין פסיקת הרשם עצמו.
הבורר, הסביר עמית, קבע כי החברים הם שנשאו בפועל בעלויות הכרוכות בגין החיוב בהון מניות תנובה, וכי שאלה זו כלל לא היתה במחלוקת. לעומת זאת, פסק דינו של הרשם שזור לכל אורכו בקביעה שהרפתנים לא שילמו מכיסם עבור מניות אלה. "
קביעת הרשם בטעות יסודה, וברור כי הרפתנים הם שנשאו מכיסם עבור ההשתתפות בהון מניות תנובה", פסק עמית.
עם מתן פסק הדין עולה כעת השאלה, האם במושבים שבהם כבר חולקו מניות תנובה, לפי הנוסחה הקודמת, יקומו כעת החברים וידרשו חלוקה חדשה, לאור פסיקת העליון.
במשך עשרות שנים יצרני החלב, חברי האגודות השיתופיות, שיווקו את תוצרתם לתנובה. ההוצאות הכרוכות בשיווק התוצרת נזקפו לחובת יצרני החלב, והתמורה שהתקבלה נזקפה לזכותם. תנובה מצדה ניכתה מהתמורה שני סוגי תשלומים: בגין השתתפות בהון מניות תנובה ובגין עמלה.
ב-1999 החליטה ועידת תנובה להקצות בין האגודות את יחידות ההשתתפות לפי שני פרמטרים. הראשון - מפתח אחיד, לפיו 50% מכלל יחידות ההשתתפות חולקו באופן שווה בין כל האגודות, ללא קשר לכמות התוצרת ששיווקו; השני - יחסי, לפיו חצי מהיחידות הוקצו לאגודות בהתאם להיקף שיווק התוצרת החקלאית שלהן לתנובה לאורך השנים. הזכויות ביחידות ההשתתפות שחולקו לפי המפתח היחסי היו במוקד המחלוקת בין האגודות לבין הרפתנים.
בין השופטים התגלעה מחלוקת בנוגע להגדרה המשפטית הנכונה של היחסים בין האגודה השיתופית לחברים בה. בעוד שעמית וגו'בראן סברו כי במקרה זה פעלה האגודה כשלוחה של הרפתנים, סבר רובינשטיין בדעת מיעוט כי בין הצדדים מתקיימים יחסי שליחות-נאמנות.
בנוסף, השופטים קראו למחוקק להסדיר בחוק את האפשרות לערער על כל החלטות הרשם. זאת בניגוד למצב כיום, שבו לא ניתן לערער על החלטותיו בנוגע לפירוק אגודות שיתופיות, בוררות ועיקול זמני על נכסים.