עובדי סגל המחקר של רפאל מעכבים את פיתוח "כיפת ברזל" כמחמאה על סירובו של משרד האוצר לאשר הסכם שכר חדש נחתם בין העובדים להנהלה ואושר על-ידי הדירקטוריון, כך נודע ל"גלובס". מנכ''ל רפאל הוא ידידיה יערי ויו''ר דירקטוריון רפאל הוא אילן בירן. לפי נתוני משרד האוצר, עלות השכר ברפאל עמדה ב-2010 על כ-840 מליון שקל.
בין היתר, מעכבים העובדים ניסויים, מסרבים לעבוד שעות נוספות, אינם נפגשים עם לקוחות ואינם מבצעים נסיעות לחו''ל.
דובר רפאל מסר בתגובה: "הנהלת רפאל נמצאת בעיצומם של מגעים עם כל הגורמים המעורבים על מנת להשיג הסכם המקובל על כל הצדדים ולכן גם איננו יכולים להתייחס מעבר לכך".
כיפת ברזל היא מערכת מתנייעת ליירוט רקטות קצרות טווח. המערכת נוסתה בהצלחה כבירה והיא נחשבת לפורצת דרך בתחומה, כאשר משרד הביטחון מעוניין מאוד להגביר את השימוש בה.
לפי ההסכם שנחתם עד 2015, והגיע לידי "גלובס", יקבלו העובדים תוספת שנתית בסך 6% במשך 5 שנים כך שבסוף התהליך יצאו העובדים עם תוספת של 30%. לצורך השוואה, לפי בכירים הענף עובדי אלביט מערכות מקבלים תוספת שכר של 2% רק בשנים של תוצאות טובות.
עוד נקבע כי תקציב קידום שנתי מינימלי של 2.45%, בנוסף להצמדה ל-70% מהמדד. ההסכם קובע גם שינוי מבנה שכר כאשר השינויים העיקרים כוללים ביטול הפחתות שכר לעובדים מעל גיל 60 עקב מיצוי קופה ציבורית, הגדלת ימי חופשה, תוספות ספציפיות לקבוצות עובדים וקיצור תקופת הארעיות.
ברפאל מועסקים כ-2,000 עובדי סגל המחקר, מתוכם כ-800 הינם גמלאי יחידת הסמך (מקבלים גם גמלא וגם שכר) ועוד כ-1200 מקבלים שכר בלבד. לפי נתוני משרד האוצר, עלות ממוצעת של 800 עובדי סגל נאמד על 60 אלף שקל, 36,300 שקל עלות שכר שוטף ועוד 23 אלף שקל עלות גמלא. עלות שכר ממוצעת של שאר העובדים נאמדת בכ-31 אלף שקל. נתונים אלו מציבים את עובדי מחקר של רפאל בקרב שיאני השכר במגזר הציבורי.
בשנת 2000, עם השלמת המעבר של יחידת הסמך רפא"ל לחברה ממשלתית, נחתם הסכם שכר עם עובדי דירוג המחקר של החברה, אשר סיימו את עבודתם ביחידת הסמך רפאל, ויצאו לגמלאות על חשבון יחידת הסמך. ה"סגירה-פתיחה" שעשתה עלתה למדינה מאות מיליוני שקלים, בעיקר בשל תשלומי הגמלאות שהמדינה לקחה על עצמה לעובדים שהמשיכו לעבוד ברפאל ולקבל ממנה את משכורת אך סיימו את העסקתם במדינה.