מקור ההכנסה העיקרי של נמל אילת מבוסס על צו בעייתי של הממשלה שחוקיותו מוטלת בספק. הצו מעניק לנמל אילת בלעדיות ביבוא כלי רכב המיוצרים במזרח אסיה, ומונע מנמלים אחרים להתחרות בו. מדובר בהתערבות ממשלתית תמוהה בשוק חופשי, המנוגדת למדיניות המוצהרת של הממשלה, הדוגלת בקידום התחרות בין הנמלים.
ספק אם יעמוד בבג"ץ
חברת נמל אילת, שהחלה לאחרונה בהליכי הפרטה, שואבת את מרבית הכנסותיה מיבוא מכוניות המיוצרות במזרח אסיה. ב-2010 למשל, יובאו לישראל דרך נמל אילת כ-123 אלף כלי רכב. יבוא כלי הרכב דרך נמל אילת זול יותר מבחינת עלויות ההובלה הימית, אך מחייב את היבואנים לשלם הוצאות הובלה יבשתית מאילת למחסני הרכב המרכזיים הנמצאים במישור החוף.
מבדיקה שערך "גלובס" עולה, כי בשנות ה-90 הוציא שר התחבורה צו המחייב את יבואני הרכב לייבא את מכוניותיהם דרך נמל אילת כתנאי לקבלת רישיון יבוא. הצו חל על כל כלי הרכב המיוצרים ביפן, בקוריאה, בסין ובשאר מדינות מזרח אסיה. גורמים ממשלתיים הודו בשיחה עם "גלובס" כי "ספק רב אם הצו יעמוד בבג"ץ". ואולם אותם גורמים ציינו גם, כי עד היום, אף יבואן רכב לא בחר לתקוף את הצו בבית המשפט. הסיבה לכך, לדבריהם, היא כי שיקולי כדאיות כלכלית נוטים באופן מובהק לטובת יבוא דרך נמל אילת.
יבוא דרך נמלי אשדוד וחיפה מאריך את משך ההפלגה של האנייה ומחייב את היבואן לשלם אגרה עבור המעבר בתעלת סואץ בגובה 150 דולר למכונית. גם מס הקנייה גבוה יותר, משום שהוא מוטל בשיעור קבוע על הוצאות ההובלה. מחירי ההובלה היבשתית נמוכים יחסית ועומדים על כ-200 שקל למכונית.
מאידך טוענים גורמים בשוק הרכב כי יבואני הרכב חוששים לפנות לערכאות נגד המדינה. הם גם מוסיפים תמיהה: "אם השוק החופשי ממילא מעדיף את נמל אילת, מדוע נדרשת התערבות ממשלתית לטובתו?".
נמלי אשדוד וחיפה בדקו בעבר אפשרות כניסה לשוק ואף היו מוכנים להציע ליבואנים להתחלק באגרות המעבר בתעלת סואץ. ביטול הבלעדיות של נמל אילת עשוי לתרום במיוחד לנמל חיפה, שאין לו כיום נתח שוק משמעותי בתחום.
ממשרד התחבורה נמסר כי אין מדובר בהנחיות מדיניות ממשלתית שניתנה לרשויות היבוא במשרד התמ"ת.