המועצה האזורית מנשה עתרה לבג"ץ בבקשה למתן צו על תנאי, צו ביניים וצו מוחלט לביטול העתקתו של היישוב קציר לתחומי מועצת מנשה, במסגרת הקמת העיר החרדית חריש-קציר.
במכתב לתושבי המועצה כתב ראש מועצת מנשה, אילן שדה, שתושבים מקציר הגישו בג"צ ובו דרישה לקיום בחירות במועדן לראשות המועצה המקומית חריש-קציר, אולם לטענתו, האינטרס של שר הפנים אלי ישי הוא למנוע בחירות אלה משום שהוא מעוניין בראש מועצה ממונה מטעם ש"ס, כדי לקדם את הקמת העיר החרדית חריש-קציר. "מרבית התושבים בקציר הם חילוניים ובחירות היו מטרפדות את הכוונה להשאיר את השליטה בחריש-קציר בידי ש"ס", כותב שדה במכתבו.
כזכור, ועדת הערר הארצית במשרד הפנים דחתה לאחרונה התנגדויות וערעורים שהוגשו נגד הקמת העיר החרדית חריש-קציר בסמוך לוואדי ערה, המתוכננת לספק מענה של כ-10,000 דירות לציבור החרדי. בכך קיבלה התוכנית אור ירוק ליציאה לדרך. התוכנית קודמה על ידי משרד הבינוי והשיכון בראשות השר אריאל אטיאס ועל ידי משרד הפנים, בראשות השר אלי ישי.
המועצה האזורית מנשה הגישה עתירתה לבג"ץ נגד שר הפנים אלי ישי, משרד הפנים, מנכ"ל משרד הפנים עמרם קלעג'י וועדת הפנים של הכנסת. היא מבקשת לבטל את העברתו של היישוב קציר לתחום המועצה, ומבקשת לבחון חלופות נוספות. בעתירה נכתב שהיישוב קציר מונה היום 3,000 תושבים "כאשר מאפייניו הבולטים הינם עירוניים לחלוטין, בהיעדר מאפיינים חקלאיים או כפריים".
בעקבות ההחלטה האסטרטגית להקמת עיר חרדית, חריש-קציר, מונתה ב-2009 ועדת חקירה לבדיקת שינוי הגבולות בין המועצה המקומית חריש-קציר למועצה האזורית מנשה. ב-2010 שונה כתב המינוי של הוועדה, כך שנוספה לה סמכות חדשה לערוך חקירה בדבר האפשרות להפריד את היישוב קציר מהמועצה המקומית חריש-קציר וצירופו למועצה האזורית מנשה.
ועדת חקירת הגבולות סברה שמיקומו הנכון של היישוב קציר לאחר איכלוס העיר החרדית חריש-קציר הוא במועצה האזורית מנשה.
בעתירתה של המועצה האזורית מנשה נכתב ש"הטעם העומד מאחורי המלצת ועדת החקירה לעניין העברת תחום היישוב קציר רק לאחר איכלוסה של העיר חריש-קציר, טמון בעיקר בחוסר הוודאות שהיה קיים במועד דיוניה של ועדת החקירה ועד היום בקיומה ובהצלחת איכלוסה של עיר חרדית חדשה".
ממשרד הפנים נמסר: "משרד הפנים יציג את תגובתו לבג"ץ".