דוח מבקר המדינה מתריע על ליקויים בתחום המסחור האוניברסיטאי: מחד, הארגונים אינם עושים די כדי להוציא את הידע הנצבר בהם אל העולם. מאידך, קיימת זליגה של ידע מן המוסדות בלי שהמוסד והמדינה מקבלים תגמול מספק על כך.
"האוניברסיטאות לא הציגו מדיניות כוללת בנושא זה, תפיסה סדורה, מטרות וסדרי עדיפויות להעברת הידע מהאוניברסיטה לתעשייה", קובע המבקר יוסף שפירא.
כיום, האוניברסיטאות מחזיקות ברובן בחברות שתפקידן למסחר את הקניין הרוחני, והן פועלות כחברות עם כוונת רווח. אלא שלא בטוח שבמוסדות ציבוריים הנתמכים בהרחבה על-ידי המדינה, חברה כזו היא כלי המסחור האפקטיבי ביותר, מאחר ש"אין זה בהכרח תואם את טובתן של האוניברסיטאות והציבור הרחב".
כך למשל, חברות המסחור מכילות לעיתים כוח-אדם קטן מדי יחסית לפטנטים שניתן למסחר, ולא כל החברות מיומנות להפיק את מירב הידע מן החוקרים.
כמו כן, אין מנגנונים באוניברסיטאות שנועדו להשביח את הידע או להפוך אותו למסחרי יותר כדי שיקרוץ יותר לחברות התעשייתיות.