אוניברסיטת בר-אילן הורתה להקצות ריבית עודפת לקרנות צמיתות שהיא מנהלת בעקבות תרומות מקרן האיזון של הקרנות, אף שלאותן קרנות היא התחייבה לריבית קבועה. פירוש הדבר הוא שהריבית העודפת ניתנת על חשבון תשואה מכלל הקרנות, במקום לממן את הריבית מתקציבה של האוניברסיטה - כך מצא מבקר המדינה, יוסף שפירא, במסגרת הביקורת באוניברסיטת בר-אילן. בסופו של דבר לא יושמה הוראה זו בפועל, אך האוניברסיטה הצהירה כי זו מדיניותה.
בר-אילן מנהלת תיקי נכסים כספיים בסכומים ניכרים, ומקורם בתרומות, בעודפי תזרים ובכספים ייעודיים שונים. אם התורם התנה את התרומה בהשקעת הכספים לצמיתות ובשימוש בפירות בלבד, על האוניברסיטה להקים קרן צמיתה.
בשנת 2011 היו לאוניברסיטה קרנות צמיתות בסכום של 400 מיליון שקל. קרן האיזון של הקרנות נוסדה ב-2005 במטרה לשמור על יציבות בפעילות הקרנות, ואליה מופנות יתרות ההכנסה מהשקעת כספי הקרנות, כדי שיעמדו לרשות הקרנות בתקופות שבהן לא יהיה אפשר להשיג את התשואות המתאימות לשמירת פעילותן.
המבקר מצא כי סמנכ"לית הכספים של האוניברסיטה, רלי שביט, באישור המנכ"ל חיים גליק, הורתה להקצות לקרנות עם שיעור ריבית קבוע את הריבית העודפת שהובטחה להן מהתחשיב של קרן האיזון, ולא מתקציבה השוטף של האוניברסיטה. הדבר גורם במישרין להקטנת קרן האיזון עבור שאר הקרנות.
לדעת המבקר שפירא, "שימוש בקרן האיזון מערער את הבסיס לטיעון האוניברסיטה לגבי מטרתה של קרן האיזון - אי-הקצאה של כל רווחי הקרנות מדי שנה על מנת להתכונן לימים קשים".