שבוע אחר הממצאים החמורים בדוח מבקר המדינה על פרשת הרפז, הודיע הערב (א') הרמטכ"ל, רב-אלוף בני גנץ, על החלטתו להדיח מצה"ל את אלוף-משנה ארז וינר, מי שהיה עוזרו של הרמטכ"ל דאז, גבי אשכנזי, בימי ההתרחשויות.
לפי קביעת המבקר, אסף וינר חומרים מכפישים על שר הביטחון אהוד ברק. "הוא שיתף פעולה עם סא"ל (בדימוס) בועז הרפז באופן שיטתי, קיבל את המידע ולא דרש להפסיק את הבאת המידע - ואף להפך: כעולה משיחות הטלפון, וינר אף העביר לעיתים מידע, עודד את המשך איסוף המידע ויזם קבלת מידע נוסף מהרפז".
בדוח נכתב עוד כי המעשים המיוחסים לווינר התנהלו על פני תקופה של כחצי שנה, והובהר כי לא מדובר בכשל היה נקודתי או בטעות חד-פעמית בשיקול-הדעת.