מסכת ההאשמות בין הגופים החרדיים בפרשת היישוב חריש עולה מדרגה: טענה חריפה במיוחד הופנתה נגד ח"כ ש"ס לשעבר, רפאל פנחסי, על ניגוד עניינים לכאורה ועל ניסיון, כפי שהגדירו זאת מבקרים בסיעות החרדיות, "של גורמים בש"ס לעשות קופה על חשבון משפחות חרדים עניות".
רפאל פנחסי הוא מזכיר מועצת חכמי התורה בראשות הרב עובדיה יוסף, שהיא הגוף העליון בתנועת ש"ס. פנחסי הוא אחד המייסדים ובעלי העניין ב"ועד הדיור החרדי", חברה בע"מ שהוקמה במיוחד עבור השתתפות חרדים תומכי ש"ס במכרזי הבנייה בעיר חריש, יחד עם חרדים שמייצג שר השיכון לשעבר מאיר פרוש (היוזם המקורי של חריש כעיר חרדית), ראש עיריית בני ברק לשעבר מרדכי קרליץ, סגן ראש עיריית ירושלים יוסף דייטש ואנשי עסקים נוספים המקורבים לחצר הרב עובדיה.
מינהל מקרקעי ישראל החליט לפסול את הצעותיהם של 11 התארגנויות של חרדים במכרזי הקרקע בחריש, שפעלו במסגרת מאוחדת של "ועד הדיור החרדי". עילת הפסילה הייתה ההתארגנות הקרטלית של קבוצות אלה, שגם הציעו מחירים גבוהים יחסית עבור הקרקעות במכרז. עמותות ש"ס הציעו כ-40 אלף שקל לקרקע לדירה, לעומת הצעות אחרות של קרקע במחיר אפס או במחיר סמלי, על יסוד ההבטחות של ראשי המגזר החרדי, שהקרקע בחריש תימסר לעמותות החרדיות בתנאי חינם.
"ועד הדיור החרדי" עתר לביהמ"ש נגד החלטת מינהל מקרקעי ישראל לפסול את הצעות העמותות הקשורות איתו. במקביל, בעתירה של עמותה חרדית מתחרה, "ערבים לדיור" של הזרם הליטאי, שזכתה באחד המכרזים בעיר חריש, נטען כי העמותות של "ועד הדיור החרדי" העלו את מחירי הקרקע ללא הצדקה, על מנת שבכירים בקהילה החרדית יוכלו לגרוף רווח אישי מרוכשי הדירות בעמותות הללו.
עוד נחשף כי החברה בע"מ, "ועד הדיור החרדי", גבתה מכל מי שנרשם סכום של 400 שקל כדמי הרשמה, וכך שלשל לכיסי החברה כ-1.4 מיליון שקל.
מפנחסי נמסר בתגובה כי "התחייבנו שאנחנו בחברה לא מקבלים טובת הנאה. אנחנו עובדים למען הציבור בהתנדבות וכל עמותה דואגת לחבריה. המחירים שלנו לא בשמים, סה"כ ההבדל בין המחירים שלנו לעמותות אחרות הוא רק 1,000 שקל, והמדינה הפסידה 100 מיליון שקל בגלל הפסילה שלנו. אם בית המשפט יחליט לא לפסול אותנו, המחיר שלנו לחברי העמותות יהיה בסוף זול יותר. אני לא רואה שום בעיה בין התפקידים במועצת החכמים ובוועד הדיור החרדי, כי בשני התפקידים אני משרת את הציבור".