דוח המבקר קובע כי בתי החולים בפריפריה פועלים ב"תרבות של מצוקה תקציבית" ובגירעונות תמידיים. המקורות הכספיים שלהם מצומצמים יותר, והם מגייסים תרומות נמוכות בהרבה. כצפוי, הכנסותיהם מתיירות רפואית - הפרה החולבת של בתי חולים במרכז - כמעט אפסיות. כך למשל, ב-2010 לא היו לבתי החולים פוריה וזיו כל הכנסות מתיירות רפואית - לעומת כ-77 מיליון שקל ו-60 מיליון שקל שרשמו שיבא ואיכילוב (בהתאמה) ממקור הכנסה זה.
בבתי החולים בפריפריה נרשם מחסור ברופאים מקצועיים בתחומים שונים, כגון רופאי טיפול נמרץ וניאונטולוגים (רופאי פגים ויילודים); בקופות החולים קיים מחסור חמור ברופאי ילדים, ברופאי נשים, באורתופדים ועוד, ולדברי המבקר, רוב השירות ניתן בידי רופאים שאינם מומחים.
המבקר מצביע על כשל שוק, שבמסגרתו תושבי הפריפריה ממעטים להפעיל את תוכניות השב"ן שרכשו לעומת הפעלה מוגברת של תושבי המרכז: "תושבי הפריפריה שרכשו תוכניות שב"ן מקופחים פעמיים. השירותים הרפואיים שניתנים באזוריהם מועטים מאשר במרכז, והם משלמים בגין תוכניות שב"ן שלעתים קרובות לא ניתן לממשם באזור מגוריהם ובעצם הם מסבסדים את השב"ן של תושבי המרכז".
לדברי המבקר, עולה החשש שיש קופות המעדיפות להשקיע משאבים באזורים מבוססים - כלומר במרכז ולא בפריפריה - וכי מעדויות שהגיעו למשרדו, יש קופות שכבר עושות זאת.