דוח מבקר המדינה מלמד כי רק חלק מראשי המדינה לשעבר זכו להנצחה של ממש, ואילו הנצחתם של אחרים מועטה, מוגבלת או אף אינה קיימת. בעוד כמה מראשי המדינה המנוחים זכו למרכזי הנצחה גדולים דוגמת יצחק רבין או מנחם בגין, אחרים מונצחים על-ידי עמותות דלות אמצעים כגון גולדה מאיר, זלמן שזר, משה שרת ולוי אשכול.
שניים מנשיאיה המנוחים של המדינה, אפרים קציר ועזר ויצמן, לא הונצחו על-ידי תאגידים שהוקמו מכוח החוק במימון המדינה ולא על-ידי עמותות הנצחה שמקבלות תמיכה מהמדינה. אישים אלה מונצחים על-ידי מוסדות או רשויות אחרות שאינם מטעם המועצה להנצחה.
מבקר המדינה מותח ביקורת חריפה וקובע כי אין זה ראוי שהנצחתם של ראשי המדינה תהיה מותנית "ביכולתם של מוקירי זכרם להביא לחקיקת חוק ייעודי ולזכות במשאבים". מניתוח דוח המבקר עולה כי קיים פער בין היקף המשאבים שהמדינה מעמידה לרשות תאגידי ההנצחה אל מול עמותות ההנצחה. בעוד ששת תאגידי ההנצחה קיבלו בשנים 2007-2011 תקציב שנתי של כ-38 מיליון שקל, זכו העמותות לתמיכה שנתית של 1.8 מיליון שקל.
הדוח חושף כי בעוד מרכז רבין אמור היה להיות מוקם מכספי תרומות, הוא נתמך על-ידי האוצר. בחוק רבין נקבע כי הקמת מרכז רבין בתל אביב תמומן מכספי תרומות. ואכן, בישיבת המועצה הראשונה של המרכז הוחלט שהעמותה תקים את המבנה ותגייס את התרומות לבנייתו. בטיוטת ההסכם בין מרכז רבין לעמותת רבין שהכינה היועצת המשפטית של משרד ראש הממשלה בשנת 1999 נכתב כי "עלות בניית המבנה תחול אך ורק על העמותה, והמרכז לא יישא בכל תשלום שהוא בקשר עם בנייתו".
אולם, מאחר שהעמותה התקשתה לסיים את הקמת המבנה של מרכז רבין, הסכים אגף התקציבים בינואר 2005 להקדים העברת מימון למרכז רבין בסך של כ-9 מיליון שקל בעבור הקמתו של מבנה המרכז באמצעות העמותה. כלומר, כספי המימון הממשלתי שניתנו לתאגיד הועברו לעמותה לצורך בניית המרכז.
המבקר מתח ביקורת חריפה ואמר כי העברת כספים מהמדינה לעמותת רבין לצורך בניית המרכז אינה מתיישבת עם הוראת החוק שלפיה בניית המרכז תמומן מכספי תרומות. במרכז רבין נטען בתגובה כי "מדובר בהקדמת מימון אשר הושבה על-ידי המרכז למשרד האוצר בשנים שלאחר מכן".
בנוסף העלתה הבדיקה כי ב-2012 חתמו אגף תקציבים ומרכז רבין על סיכום תקציבי שלפיו בסיס התקציב של המרכז בשנים 2013-2014 יהיה 11.5 מיליון שקל ו-12.2 מיליון שקל בהתאמה, שהם 5 מיליון שקל יותר מהתקציב בשנים 2004-2005.
בתשובת הממונה על התקציבים נמסר כי התקציב למרכז רבין הושפע מהפעילות השוטפת של המרכז, ולפיכך חל גידול בתקציב עם פתיחת המרכז למבקרים ב-2010. הממונה הוסיף כי הסיכום התקציבי לשנים 2012-2014 נקבע לפי צורכי המרכז וכלל הפחתה של סך החזר ההלוואה. לגבי יד לוי אשכול, נטען בדוח כי במשך 35 שנה לא הצליחו במשרד ראש הממשלה לסיים את שיפוץ המבנה שינצחי את ראש הממשלה לשעבר.
