ארגון "אמנסטי" טוען כי תומכי מורסי עינו חלק מתומכי ההפיכה הצבאית במהלך ההפגנות במדינה. על פי הדיווח, תומכי מורסי חטפו, היכו, עינו במכות חשמליות ודקרו מפגינים המתנגדים לנשיא לשעבר. מתחילת גל המחאה שמונה גופות הגיעו לחדר המתים בקהיר עם סימני עינויים, לפחות חמש מהגופות נמצאו ליד אזורים בהם הפגינו תומכי מורסי.
מסתור מוחמד סעיד, בן 21, הותקף יחד עם קבוצה של עשרים בני אדם ליד ישיבת מחאה של תומכי מורסי בכיכר רבא אל-עדויה בקהיר ב-5 ביולי. התוקפים היו רעולי פנים וחמושים בסכינים ומכונות יריה. סעיד, ואחדים אחרים איתו, נחטפו.
"הם תפסו אותי, קראו לנו כופרים ולקחו אותנו למרכז ישיבת המחאה. אז הם הפילו אותי לרצפה, החזיקו אותנו מתחת לבמה, היכו אותי במוטות ובמכות חשמל. איבדתי את ההכרה מספר פעמים", סיפר סעיד לארגון. הוא הוסיף כי באותו הזמן שמע לדעתו אישה מותקפת מינית ומוכה.
"הידיים שלי היו קשורות מאחורי הגב, והעיניים שלי היו מכוסות, אבל יכולתי לראות קצת מבעד לכיסוי. שמעתי את הבחורה צורחת כשנתנו לה מכות חשמל. שמעתי גם אישה אומרת לה לפשוט את הבגדים. אמרתי שזה אסור ונתנו לי מכה על הראש. אחר כך ראיתי שני גברים מזוקנים נכנסים לחדר ושמעתי את הבחורה צורחת שוב". מאוחר יותר, סעיד ראה דם על הרצפה באותו החדר.
כארם חסן, בן 48, נחטף על ידי מפגינים חברי האחים המוסלמים ליד קהיר. גופתו זוהתה על ידי אמו בחדר המתים שבוע לאחר מכן. הגופה הייתה מכוסה בסימני מכות, כוויות ודקירות. לטענת הארגון, חטיפות ועינויים של מפגינים החשודים בהתנגדות למורסי מתרחשות בעיקר במהלך או מיד לאחר התנגשויות אלימות בין שני המחנות.
"השימוש בעינויים כמתקפות נגד אינו מתקבל על הדעת. אנשים אינם יכולים לקחת את החוק לידיים. באחריות המנהיגים הפוליטיים לגנות את המעשים הפליליים הללו ולקרוא לתומכיהם להמנע מפגיעה בזכויות אדם", נמסר בהודעת הארגון. "עם זאת, הממשלה המצרית לא יכולה לנצל את הפשעים הללו, המבוצעים על ידי מעטים, כתירוץ לענישה קולקטיבית של תומכי מורסי או לשימוש בכוח מופרז לפיזור ישיבות המחאה שלהם".