קומפיוג'ןהוקמה בשנות ה-90, אחת מהחברות הבולטות בגל הביואינפורמטיקה (שילוב של מחשוב עם ביולוגיה) ששטף אז את העולם. ההערכה אז הייתה כי פענוח הגנום והתקדמויות נוספות בתחום המידע הביולוגי יעבירו את כל תחום גילוי התרופות מן המעבדה את המחשב.
אבל המהפכה הזאת לא התרחשה; מערכות המחשוב אכן משפרות את תהליך פיתוח התרופות, אך רוב העבודה היא עדיין במעבדה. בינתיים, חברות הביואינפורמטיקה נתקעו במקום.
קומפיוג'ן פיתחה מערכת שמבצעת כרייה אוטומטית של מידע ביולוגי ממגוון מקורות. כשהונפקה בנאסד"ק ב-2000, המודל העסקי שלה היה מכירה של שירותי כריית המידע שלה לחברות תרופות גדולות, תמורת דמי שימוש. היא הצליחה ליצור שיתופי פעולה רבים, אבל ההכנסות מכך לא עברו את רף מיליוני הדולרים הספורים בשנה.
ב-2004 שינתה החברה את המודל העסקי שלה, כך שהיא בעצמה תגלה ותפתח את התרופות, על בסיס יכולותיה החישוביות. היא החליפה את כל ההנהלה וחלק ניכר מן העובדים (המתמטיקאים הוחלפו בביולוגים). ואולם, גם זה לא עזר, עד שבסופו של דבר מצאה החברה את המודל העסקי הנכון.
ב-2010 החליטה קומפיוג'ן להתמקד בתרופות שהן אך ורק ממשפחת ה-Immune Checkpoints, מולקולות הפועלות על מערכת החיסון כדי לגרום לה לטפל בעצמה בגידולים סרטניים. תרופת אחת ממשפחה זו, Yervoy של חברת בריסטול מיירס סקוויב, הצליחה בגדול, ולכן חברות התרופות להוטות אחרי מוצרים נוספים מאותה משפחה. על פי ההסכם הנוכחי של קומפיוג'ן ובאייר, נראה כי ההימור הצליח.
הסיפור של קומפיוג'ן מלמד כי חברות ביומד שמשקיעות הון ומאמץ משמעותיים במדע לאורך שנים רבות, יכולות להגיע לפריצת דרך, גם לאחר שהשוק כבר ויתר עליהן. זאת בהנחה שלמדע מעולה מתלווה הנהלה מוצלחת (המנכ"לית ענת כהן דייג) וגורם שדואג לחברה מבחינה פיננסית או מצליח לשמור על ההתלהבות ממנה בשוק ההון (היו"ר מרטין גרסטל).
ואולם, הלקח בסיפור הזה הוא לאו דווקא שכדאי ללוות את חברות הביומד במהלך כל הדרך; קומפיוג'ן אמנם נסחרת כעת במחיר כפול בערך מכפי שהונפקה ב-2000, אך במהלך הדרך נסחרה גם בדיסקאונט של 90% על מחיר ההנפקה.
בחברות שדרכן כה ארוכה, משקיעי השנים הראשונות כמעט אף פעם לא יוצאים מרווחים. מתי היה כדאי להצטרך לקומפיוג'ן? ב-2010, כשכהן-דייג הכריזה כי החברה משנה (שוב) את פניה, אבל בשלב הזה, השוק כבר התקשה להאמין.