ראש יאח"ה החדש, תת-ניצב אפרים ברכה, מנהל באופן אישי את התשאולים והחקירות של עדים המעורבים בפרשת "ביבי טורס" ובנסיעות שרי הממשלה לחו"ל, שנעשו על-פי החשד שלא כדין.
צוות בכיר של יאח"ה, בראשות תנ"צ ברכה, מקיים - בהוראת היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין והפרקליטות - סדרה של פעולות חקירה במסגרת הבדיקה המקדימה שעליה הורה וינשטיין בפרשת "ביבי טורס", ובמסגרת זו זומנו בשבועות האחרונים לתשאול ולגביית עדויות שורה של עובדים לשעבר בלשכותיו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, ובנוסף נעשו פעולות חקירה שונות בחו"ל הכוללות בעיקר השגת מסמכים.
עם זאת, סטטוס הפעולות עדיין מוגדר "בדיקה מקדימה", שמטרתה לבדוק אם קיימת תשתית מספקת לפתיחת חקירה פלילית.
בדיקת מבקר המדינה בפרשת נסיעותיו לחו"ל של נתניהו החלה בעקבות תחקיר של העיתונאי רביב דרוקר בערוץ 10 לפני כשנתיים וחצי. בחודש דצמבר האחרון העביר מבקר המדינה, יוסף שפירא, את טיוטת הדוח שהכין משרדו בפרשה לתגובת המבוקרים.
בחודש מאי השנה כתב ניצב (בדימוס) עמיחי שי, יועץ מיוחד למבקר המדינה יוסף שפירא, כי הביקורת בפרשה זו הורחבה מעבר לעניינו של נתניהו בכהונותיו כראש הממשלה וכחבר כנסת, גם לשרים ולסגני שרים, וכי בימים אלה מעבדים במשרד המבקר את תגובות המבוקרים לטיוטת הדוח.
בנובמבר 2011 הבהיר משרד מבקר המדינה כי לא נשללה האפשרות שבחומרים שהעביר משרד המבקר ליועץ המשפטי לממשלה בפרשת "ביבי טורס", יש חשש לביצוע עבירות פליליות. עם זאת, לא נקבע כי בחומרים שהועברו ליועץ יש חשש לפלילים, והם לא הועברו ליועץ בהתאם להוראת החוק המחייבת את המבקר להעביר ממצאים פליליים לעיון היועץ.
בחודש דצמבר 2012 העביר המבקר שפירא את החלק בטיוטת הדוח הנוגע לנתניהו בכהונתו כחבר כנסת, לבדיקת היועמ"ש. על הבדיקה הופקד עו"ד אורי קורב מפרקליטות מחוז ירושלים, שצבר ניסיון ומומחיות בטיפול בנושאים אלה, בתפקידו כתובע בתיק ראשונטורס נגד ראש הממשלה לשעבר אהוד אולמרט.
בימים האחרונים התברר כי תהליך הבדיקה כולל גם פעולות חקירה של ממש שמקיימת המשטרה, ופעולות אלה כוללות הן זימון עדים לגביית עדות והן פעולות חקירה מסוימות מול רשויות בחו"ל.
במשטרה סירבו לאשר או להכחיש את המידע בעניין זה. ממשרד המשפטים נמסר: "כפי שנמסר ופורסם בעבר, מתנהלת בדיקה בעניינים הקשורים לנסיעות ראש הממשלה בהיותו חבר כנסת. מעבר לכך אין בידנו לפרט לעת הזו".