דוח מבקר המדינה קובע כי שר השיכון בממשלה הקודמת, אריאל אטיאס, ועוזרו בני דרייפוס, נהגו להתערב ולהשפיע על עבודת רשות מקרקעי ישראל בשורה של פרויקטים ספציפיים, בניגוד לנהלים ולעקרונות של יחסי העבודה הרצויים בין שר לרשות הכפופה לו. זאת, למרות התרעה שקיבלו מהמשנה ליועמ"ש לשעבר, עו"ד שרית דנה.
לפי מבקר המדינה, יוסף שפירא, הפרויקטים שבהם התערבו אטיאס ואנשי לשכתו, בין השאר, הם: הרשמה והגרלה בבית שאן: במקום מכרז לשיווק קרקע לווילות בבית שאן, כפי שהיה נהוג בעיר, אטיאס התערב בפרויקט והפך אותו לפרויקט של הרשמה והגרלה. שיווק הפרויקט בדרך זו נעשה בניגוד להחלטת רשות מקרקעי ישראל וללא שעמדתה נשמעה, ומבלי שהשינוי הובא לאישור מועצת מקרקעי ישראל. בין הזוכים בפרויקט היו גורמים מקושרים בבית שאן; פרויקט אחיסמך בלוד: התוכנית לבניית 3,000 יח"ד לחיזוק העיר לוד באוכלוסייה רגילה מבוססת, קיבלה תפנית והפכה לפרויקט המיועד לאוכלוסייה חרדית-דתית. נמצא שמשרד השיכון הוא שיזם והוביל את שינוי התב"ע בפרויקט, בניגוד לתב"ע המקורית, ללא שנמצאו מסמכים שינמקו מדוע החליט אטיאס להתערב בפרויקט; מתחם נחלים בפתח-תקווה: במתחם זה תוכננו 1,200 יח"ד ושיווקן כבר החל, אולם בעקבות התערבותו של אטיאס ופגישות שלעוזרו דרייפוס עם צמרת העירייה, בלי שיתוף רמ"י, שונתה התב"ע באופן המותאם לאוכלוסייה חרדית-דתית; פעילות בלתי חוקית של בתי כנסת: שני בתי כנסת, אחד בתל-אביב ואחד בירושלים, פעלו בתוך דירות של רמ"י המנוהלות על-ידי עמידר, ללא הסדר חוזי וללא תשלום. אטיאס פעל כדי להסדיר את הפעילות הלא חוקית של בתי הכנסת. לגבי בית הכנסת בירושלים, הנהלת רמ"י קיבלה החלטה להסדיר את מעמדו החוקי של בית הכנסת. בית הכנסת בתל-אביב פועל כ-40 שנה ללא אישור רמ"י וניתן פסק דין לפינויו בעקבות התערבותו של אטיאס לשינוי ייעוד הקרקע, כדי שבית הכנסת יוכל להמשיך לפעול.
המבקר ממליץ כי היועץ המשפטי לממשלה "יבהיר בהנחיותיו את הגבולות בין קביעת מדיניות על-ידי שר השיכון והאחריות המוטלת עליו מתוקף תפקידו, לבין התערבות בביצוע העבודה השוטפת, ובמיוחד את גבולות ההתערבות של שר שיכון, המשמש גם יו"ר מועצת מקרקעי ישראל, בעבודה השוטפת של רשות מקרקעי ישראל".
מח"כ אריאל אטיאס נמסר כי "התקופה בה שימשתי כשר הבינוי והשיכון הייתה מאוד אינטנסיבית. בתקופה זו היה צורך לשחרר חסמים ולעמוד מול בירוקרטיה אינסופית ולכן נדרשתי לרדת לפרטים ולעסוק גם בנושאים ספציפיים, כפי שפירטתי בתשובותיי למבקר המדינה. עבודתי נעשתה בשקיפות מלאה ומטרותיה היו: הגברת שיווק הקרקעות בהיקפים גדולים, ולסייע לאזרחים שפונים בצר להם ללשכת השר. זוהי הסיבה שבתקופת הדו"ח האמור נרשם שיא בהתחלות בנייה שהגיע ל-45 אלף יח"ד, המספר הגדול ביותר מאז גלי העלייה.
"לדעת המבקר, למרות ששר הממונה על מנהל מקרקעי ישראל נושא באחריות כוללת, ונדרש על פי חוק לקבוע באמצעות המועצה את מדיניות המנהל ולפקח עליו, השר לא אמור לעסוק בנושאים פרטניים רק בנושאי מדיניות כוללניים, ולכן המלצתו העיקרית של המבקר היא שהיועץ המשפטי לממשלה יקבע כללים ואת גבולות הסמכות של השר הממונה על המנהל בעבודתו מול המנהל. מבחינה זו אני מקבל את המלצות הביקורת ואני תומך בעשיית סדר בדברים אחת ולתמיד".