בדיקת מבקר המדינה את פרויקט המטרונית בחיפה נועדה לפתור תעלומה של מיליארד שקל: כיצד חרג הפרויקט פי שלושה ויותר מתקציבו ומיהם האחראיים לכך.
ב-2007 תקצב משרד התחבורה את הקמת התשתיות בפרויקט ב-540 מיליון שקל, אך עלות הפרויקט גדלה באופן משמעותי במהלך ההקמה, וביולי 2013 היא הסתכמה ב-1.59 מיליארד שקל. הרצת הפרויקט החלה באוגוסט, כ-9 חודשים אחרי המועד שנקבע.
פרויקט המטרונית הוא הפרויקט הראשון בישראל המכונה BRT או אוטובוס רב-קיבולת. מדובר בקו אוטובוס הנהנה מזכויות דרך בלעדיות בנתיב שאורכו 45 ק"מ ועדיפות בצמתים מרומזרים.
החברת האחראית על פרויקט המטרונית היא יפה נוף, חברה עירונית שבבעלות עיריית חיפה. בזיכיון להפעלת המטרונית זכה קונסורציום בהובלת חברת דן. דן מכרה מאוחר יותר 40% ממניות הפרויקט ל-SNCF (חברת הרכבות הלאומית של צרפת) ולקרן נוי להשקעה בתשתיות, והותירה בידיה את יתרת המניות (60%).
בדיקת המבקר העלתה ליקויים מהותיים רבים, חריגות רבות מכללי מינהל תקין על-ידי משרדי התחבורה, האוצר ועיריית חיפה.
במוקד הביקורת עומדת חברת יפה נוף, שאת התנהלותה הלקויה רואה משרד המבקר "בחומרה רבה". בין היתר מצא המבקר כי יפה נוף ניצלה את הפיקוח הרופף של משרד התחבורה כדי לממן באמצעותו עבודות אחרות שאינן קשורות אליו, לא נערכה לביצוע הפרויקט כנדרש, לא ביצעה תסקיר בטיחות לפי הנהלים, לא בדקה חלופות וכדאיות ולא הנהיגה בקרה ופיקוח ראויים על החברות הפרטיות שביצעו אותו. ליקויים אלה, קובע המבקר יוסף שפירא, הביאו לחריגה הניכרת בתקציב ובלוחות הזמנים לביצוע הפרויקט.
כאמור, מבקר המדינה מותח ביקורת גם על התנהלותם של משרדי הממשלה, ובראשם משרד התחבורה. למשל, הסכמים מהותיים לגבי ניהול הפרויקט ויחסי העבודה בין הזכיין לבין המדינה ובין הרשויות השונות שבשטחן עובר הפרויקט נחתמו רק בשנים 2011-2012, יותר מ-4 שנים לאחר שהחל ביצוע הפרויקט.
לגבי החריגה התקציבית הגדולה, בדיקת המבקר גילתה כי בין השנים 2005-2012 העלתה יפה נוף כמה פעמים את אומדן העלות התקציבית לפרויקט בלי לתת הסבר ראוי כך וללא בקרה. משרד התחבורה לא עמד על קבלת דיווחים על החריגות, לא בדק באופן יסודי את התוספות ואם הן אכן חיוניות לפרויקט ולא הקפיד על בקרה ראויה.
לפרויקט לא נקבעה מסגרת תקציבית כוללת לפני שהוחל בביצועו, ובפועל משרד התחבורה תקצב אותו לפי הצרכים שהעלתה יפה נוף. החברה החיפאית ניצלה זאת, קובע המבקר, כדי לבצע עבודות שאינן קשורות לפרויקט המטרונית ולדרוש עליהם תשלום כאילו היו חלק ממנו.
מהבדיקה מתברר כי העלות הכוללת של הפרויקט הייתה אף גבוהה מהנתונים הרשמיים - 1.59 מיליארד שקל - משום שהם אינם כוללים עלויות נוספות, כמו עבודות תשתית שבוצעו לפני 2007 ועבודות שבוצעו על חשבון תקציבים אחרים.