למרות שגם מייסדי וייבר - טלמון מרקו, איגור מגזיניק, סאני מראולי ועופר סמוכה - וגם המשקיעים - משפחת שבתאי ועו"ד רפאל רב חן - הם ישראלים ועל אף שלחברה מרכז פיתוח קטן של 40 עובדים בישראל, לאורך שנות קיומה ניסתה החברה בקנאות להסתיר, עד כמה שניתן, את הזיקה שלה לארץ הקודש.
למעט מקרה אחד לפני כשנה, סירב בתוקף מנכ"ל וייבר טלמון מרקו להתראיין לכלי תקשורת ישראלים. בעבר פנה "גלובס" ליחסי הציבור של וייבר בישראל כדי לראיין את המנכ"ל אך נתקל בסירוב וכך גם חשפה בסוף השבוע האחרון אשת יחסי הציבור עינת מירון בצילום מסך ששיתפה בפייסבוק. בשני המקרים, וסביר להניח שבמקרים נוספים שלא דווחו, הסיבות לסירוב היו דומות: הרצון של מרקו להסתיר את היותה של החברה בעלת רקע ישראלי.
וייבר אמנם רשומה בקפריסין אך מייסדיה הם ישראלים יוצאי צבא וכאמור, כך גם המשקיעים. ולמרות זאת, בווייבר ניסו להימנע מקשר עם התקשורת הישראלית בטענה כי לחברה לא מעט משתמשים במדינות ערב וקישור מסוג זה עלול להביא להחרמת האפליקציה הפופולרית. על-פי נתוני החברה, 43.5% ממשתמשי וייבר מגיעים מהמזרח התיכון ואסיה. בסך הכול לוייבר יש 300 מיליון משתמשים, שליש מהם פעילים מדי חודש.
מספר אתרים ובלוגים בעולם הערבי אף ניסו לקשר לוייבר לאורך השנים קשר למוסד הישראלי ולנסות ולהרתיע משתמשים מלהוריד את האפליקציה מחשש למעקב אחרי השיחות שהם מנהלים באמצעותה. עם זאת, קשה למצוא היום הרבה יזמים טכנולוגיים ישראלים שיתביישו במוצאם, אך נראה שבוייבר הדברים מתנהלים אחרת לגמרי. למעשה, הם מעולם לא התנצלו על ההתנהלות הזו בעניין, אלא רק ניסו להתנער עוד יותר.
כשאחד הבלוגים הקשה וציין כי השירות נחסם במספר מדינות ערב, בהן לבנון, בשל הרקע הישראלי, בווייבר הגיבו (באיחור של כמה חודשים טובים) וציינו כי "וייבר נחסמה לא בגלל שורשיה בישראל אלא בגלל שהיא פוגעת בהכנסות של מפעילות סלולר מקומיות", נמסר אז. בחודש שעבר, כשהמשא ומתן סביב המכירה היה בעיצומו, בוייבר ניסו להתמודד מול חסימות באיראן ובפקיסטן, ככל הנראה ללא קשר אמיתי לרקע הישראלי.
ועדיין, החברה המשיכה להתנער מהשורשים הציוניים. "מעולם לא לקחנו דולר אחד ממדינת ישראל", הצהיר מרקו בראיון שהעניק לעיתון הבריטי "הגארדיאן" באוגוסט אשתקד. "אנחנו לא מאוגדים בישראל. אנחנו מחזיקים מרכז מחקר ופיתוח בישראל וזהו זה".