ביקורת חריפה על התנהלות האגף למבצעים לוגיסטיים ונכסים (אמו"ן) שבמשרד הביטחון עולה מדוח מבקר המדינה, שהצביע על ליקויים משמעותיים בתפקודו, תוך פגיעה קשה בכללי המינהל התקין. בהתבסס על מסמכים פנימיים במשרד הביטחון, המבקר קבע כי אמו"ן בחר שלא לפנות קרקע יקרה הסמוכה לנתב"ג, שעליה פעל בסיס חיל האוויר בח"א 27, למרות התחייבותו, וזאת בניסיון לחסוך במשאבים. בנוסף, הפסיק אמו"ן סקר קרקע בבסיס ואף לא דיווח על ממצאים שהצביעו על זיהום.
מדובר בבסיס תובלה, שהשתרע על כ-1,500 דונם, מהם כ-68 דונם בנויים, ופונה בדצמבר 2009, כשחיל האוויר העביר את המטוסים לבסיס נבטים בנגב. התעשייה האווירית (תע"א) ורשות שדות התעופה (רש"ת) לוטשות עיניים כבר שנים אל השטח, שעתיד לשמש להרחבת הפעילות של התע"א ולהרחבת נתב"ג.
בדיונים שקדמו לפינוי הבסיס בין משרדי האוצר והביטחון סוכם, כי עם פינוי השטח יעביר אותו אמו"ן לרשות מקרקעי ישראל (רמ"י). זאת, לא לפני שיפנה אותו ממבנים וישקם את הקרקע שזוהמה בו. אלא שמהדוח עולה כי גם לאחר פינוי השטח, משרד הביטחון ממשיך להחזיק בו בניגוד לסיכומים. גישה זו של האגף, הובילה לכך שגם בינואר 2009 הוא הנחה את חיל האוויר להקפיא הריסת מבנים ותשתיות בבסיס. הנחיה זו הובילה גם להפסקת סקר לבחינת זיהום קרקע בשטח.
"הדבר נעשה בלי שאמו"ן תיאם זאת עם המשרד להגנת הסביבה ועם רשות המים, שהיו אמורים לאשר את נושא שיקום הקרקע בשטח", נכתב בדוח. בנוסף, משרד הביטחון לא דיווח על הזיהום לגופים אחרים בעלי עניין בקרקע. המבקר העיר גם לחיל האוויר על שלא עדכן את אגף התכנון בממצאי סקר הקרקע, שהצביעו על זיהום.
לאחר פינוי הבסיס, קיים משרד הביטחון מו"מ עם התע"א ורש"ת סביב האפשרות שאלה יקבלו לידיהן את השטח כמו שהוא, עם המבנים והתשתיות, שהיו אמורים להיהרס. המו"מ התקיים בידיעת רמ"י, אך בלי שנציגיה לקחו בו חלק. המו"מ הסתיים בלי תוצאה ומבקר המדינה ביקר את רמ"י, שלא פעלה בראייה מערכתית של טובת המדינה למען האצת התהליך. "התנהלות אמו"ן והיעדר פעולה נחרצת מצד רמ"י גרמו לעיכוב של שנים בהשבת שטח בח"א 27 למדינה ובהעברתו לתע"א ולרש"ת. בנוסף, המצב גרם לסכנה של המשך התפשטות זיהומי הקרקע, לרבות החשש שטרם נבדק לחלחול הזיהום למי התהום", נכתב בדוח.
ממשרד הביטחון נמסר כי "מערכת הביטחון פעלה ופועלת להשבת הקרקע לרמ"י, תוך השקעת משאבים רבים בפינוי וניקוי המחנה, לרבות טיפול אקולוגי נאות במפגעי אסטבסט. חשוב לציין כי רמ"י חתמה על הסכם העברת הקרקע לרש"ת, ללא תיאום או עדכון מערכת הביטחון. לפיכך, כל הנוגע להמשך הטיפול בקרקע שהוקצתה לרש"ת, איננו באחריות מערכת הביטחון. באשר לקרקע של התע"א, בימים אלו מבצע משרד הביטחון עבודות רבות בשטח המחנה, על מנת לנקות את חלקה של התע"א".
רפאל מזהמת מי תהום במשך שנים
מבקר המדינה מותח ביקורת חריפה על חברת רפאל: "במשך שנים רבות ועד לשלהי 2010 זיהמה רפאל את מי התהום בכך שהחדירה מי שפכים מזוהמים בחומר נפץ לקרקע, בניגוד לחוק המים. זאת, בלי שרפאל ביקשה וממילא לא קיבלה רישיון להחדרת מים מרשות המים", נקבע.
הביקורת נעשתה במפעל של רפאל "מכון דוד" שבצפון, וממנה עולה כי אף שהחברה נהגה להחדיר לקרקע מים מזוהמים במשך שנים ארוכות, הדפוס המסוכן נחשף רק ב-2010 בידי רשות המים והמשרד להגנת הסביבה. המבקר ציין כי המשרד להגנת הסביבה החל לדרוש מרפאל לקיים בשטח סקר היסטורי לבדיקת זיהום הקרקע כתנאי לקבלת רישיון עסק באיחור של 7 שנים.
עוד העלתה הביקורת, כי בתחומי המכון קיים נוהג להמטרת קולחים, שהם תוצרים של המכון לטיהור שפכים במקום: "קיים חשד כבד לזיהומי קרקע ומים בחומרים רבים בעשרות אתרים נקודתיים", כתב המבקר, "מכלול הזיהומים שנמצאו והזיהומים הפוטנציאליים שכמויותיהם והיקפם טרם נחקרו עלול לפגוע בסביבה ובמקורות מים טבעיים הנמצאים במחסור".
ממשרד הביטחון נמסר בתגובה, כי "מערכת הביטחון אישרה זה מכבר מעבדה מורשית אשר תוסמך לבצע בדיקות ודגימות עבור כל הגורמים הרלוונטיים, ובהם רשות המים והמשרד להגנת הסביבה".