הפקעה של מקרקעין נעשית בשני שלבים: בשלב הראשון, מפורסמת תכנית המשנה את ייעוד המקרקעין מייעוד פרטי לייעוד לצורכי ציבור. בשלב השני, מבוצעת ההפקעה עצמה.
סעיף 197 לחוק התכנון והבנייה מעניק לבעלים של קרקע, שנפגעה על ידי תוכנית שייעדה אותה לצורכי ציבור, זכות תביעה בגין הנזק שנגרם לו. לאחר מכן, הבעלים רשאי לתבוע פיצויים בגין הפקעת הקרקע, וזאת לפי ערכה המופחת של הקרקע כקרקע בייעוד ציבורי. ככלל, ההיקף הכספי המשמעותי מתוך מרכיב הפיצוי המשולם לבעל הקרקע בגין הליך ההפקעה כולו, משולם בשלב הראשון, היינו בגין שינוי יעוד הקרקע, ואילו חלקו הקטן משולם בגין ההפקעה עצמה, שכן ערך הקרקע ביעודה החדש, הציבורי, אינו גבוה.
חלוקה זו של הליך ההפקעה לשני שלבים הנעשית בדין הפרטי, מכתיבה גם את תוצאות המס של שתי הפעולות ומבחינה ביניהן. חוק מיסוי מקרקעין ופקודת מס הכנסה מעניקים הקלות בתשלום מס השבח על פיצוי המתקבל בגין הליך הפקעה. חוק מיסוי מקרקעין מעניק בסעיף 48ג הנחה בשיעור 50% מהמס. פקודת מס הכנסה מעניקה אף היא הנחה בשיעור דומה בסעיף 91(ז). לעומת זאת, ביחס לפיצוי בגין פגיעה תכנונית לפי סעיף 197 לחוק התכנון והבנייה, שותקים הן החוק והן הפקודה.
בשאלה, האם נישום, המקבל פיצוי בגין פגיעה תכנונית, זכאי ליהנות מההטבה הכלולה בסעיף 91(ז) לפקודה, עסק בית המשפט המחוזי בעניין סודרי (ע"מ 1057-06). סודרי רכש קרקע ובחלוף מספר שנים, פורסמה תכנית ששינתה את הייעוד הפרטי של מרבית השטח לייעוד ציבורי. לאחר מכן הופקעה הקרקע, וסודרי קיבל פיצויי הפקעה על פי שווי הקרקע ביעוד החדש, ושילם את מס השבח שנדרש ממנו.
בעקבות ירידת הערך שנגרמה למקרקעין בשל שינוי היעוד, שולמו למערער פיצויים לפי סעיף 197 לחוק התכנון והבנייה. הפיצוי ניתן גם ביחס לחלק מהמקרקעין שלא נכלל בתכנית, שכן הוא גובל עמה ונפגע במידה זהה.
השאלות שעלו במסגרת פסק הדין היו, האם המערער זכאי להטבת המס הקבועה בסעיף 91(ז) לפקודה בגין הפיצוי שניתן לו בשל ירידת הערך, והאם המערער זכאי לניכוי חלק מעלות רכישת המקרקעין הגובלים.
סודרי ופקיד השומה הגיעו להסכמה מוקדמת, כי הפיצוי שהתקבל בגין ירידת הערך שנגרמה על ידי התכנית הפוגעת צריך להיות ממוסה כרווח הון, על פי חלק ה' לפקודה, אולם נחלקו בשאלה האם יש לראות את שלב הפגיעה התכנונית כחלק מהליך ההפקעה, הזכאי להקלה הקבועה בסעיף 91(ז) לפקודה (כעמדת המערער), או, שמא, מדובר בשני הליכים נפרדים, ואין שלב הפגיעה התכנונית זכאית להקלה זו (כעמדת המשיב).
בית המשפט המחוזי הסתמך על פסק דינו של בית המשפט העליון בעניין ב.מ. כפריס (ע"א 8863/07). באותו עניין עלתה השאלה, האם הפיצוי בגין שינוי ייעוד הקרקע הניתן מכוח סעיף 197 לחוק התכנון והבנייה הוא משום פיצוי הפקעה לעניין חובת תשלום המע"מ. בית המשפט העליון קבע, כי יש להבחין לעניין תשלום המע"מ בין פיצוי המתקבל בעקבות פגיעה תכנונית לבין פיצוי המתקבל בעקבות הפקעה, וכי הפיצוי הראשון אינו מהווה הפקעה לצרכי מס. משמעות הדבר לצורכי מע"מ היא, כי הפיצוי בגין הפגיעה התכנונית אינו מהווה עסקה החייבת בתשלום מע"מ.
בית המשפט אימץ את עמדת בית המשפט העליון בעניין כפריס וקבע, כי המונח הפקעה מורכב מכמה יסודות, שאחד מהם הוא יסוד הרכישה, דהיינו העברת הזכויות במקרקעין מהבעלים לרשות המפקיעה. יסוד זה אינו קיים במקרה של שינוי ייעוד, אשר אינו כולל העברה של זכויות מאת הבעלים למפקיע. לפיכך, נקבע, כי פגיעה במקרקעין על ידי תכנית אינה מהווה הפקעה והנישום אינו זכאי להטבה המוקנית בסעיף 91(ז) לפקודה בגין הפיצוי המשולם לו.
בנוסף נקבע, כי עלות הרכישה של המקרקעין הגובלים היא הוצאה שהוצאה ביצירתו של "הנכס הנמכר", שהוא זכות השימוש במקרקעין לצרכיהם לפני ששונה ייעודם. כאשר המערער רכש את המקרקעין כללה עלות רכישתם גם את זכות השימוש בייעודים המקוריים. הפגיעה בזכות שימוש זו נגרמה גם למקרקעין הגובלים, ולכן עלות הרכישה של מקרקעין אלו ניתנת לניכוי. חישוב הניכוי יעשה באופן יחסי לירידת הערך שנקבעה, ובהתחשב בכך שעדיין נותרה בידי המערער זכות בערך מסוים במקרקעין הגובלים, שלא הופקעו.
על פסק דינו של בית המשפט המחוזי הוגש ערעור לבית המשפט העליון. בית המשפט העליון תמך בקביעותיו של בית המשפט המחוזי בשתי הסוגית שעלו לדיון (ע"א 9433/12). כך, נקבע כי ההטבה הקבועה בסעיף 91(ז) לפקודה חלה אך ורק לגבי פיצויי הפקעה ולא במקרה של פיצוי מכוח סעיף 197 לחוק התכנון והבנייה. משמעות הדברים הינה, כי על כל הפיצויים בגין התוכנית הפוגעת לא ניתנה לסודרי הנחה כלשהי במס השבח.
בסוגיה השנייה שעמדה לדיון בעניין ניכוי שווי רכישת המקרקעין הגובלים, הגיעו הצדדים להסכמה כך שהותר בניכוי חלק מעלות הרכישה, ופקיד השומה חזר בו מן הערעור בסוגיה זו, בכפוף למתן התחייבות מצד הנישום כי לא ידרוש ניכוי של שווי הרכישה לצורכי מס שבח בעת מכירת המקרקעין הגובלים.