ליקויים רבים באופן הבקרה של מפעל הפיס על ההקמה, השימוש והתחזוקה של מבני ציבור שהוא מממן את בנייתם ברחבי הארץ - כך עולה מדוח מבקר המדינה לשנת 2014. בדיקת המבקר העלתה כי במספר רב של מקרים מפעל הפיס לא פעל אל מול רשויות מקומיות כדי שמבנים שאת הקמתם הוא מימן ישמשו לייעודם ויתוחזקו בצורה נאותה. בחלק מהרשויות, חלקן במצב סוציו-אקונומי קשה, מבנים כאלה נבזזו או הוזנחו במשך שנים, אך מפעל הפיס לא מיצה את כל הכלים שברשותו, כמו התניית מענקים עתידיים לרשויות, כדי לתקן את הליקויים.
מבדיקת המבקר עולה כי סקר מיוחד שעשה בשנים 2008-2009 ביוזמתו של מפעל הפיס כדי לעמוד על רמת התחזוקה של מבנים שהוקמו במימונו, חשף תמונת מצב עגומה: רק ב-23% מבין 966 מבנים שהוקמו ברחבי הארץ נמצאה רמת תחזוקה טובה בדרגה של 80% ומעלה. ברוב המבנים נמצאו בעיות של רטיבות, סדקים, ליקויי בטיחות, תקלות במערכת החשמל ועוד. 74 מהמבנים כלל לא היו פעילים או שנמצאה חריגה בשימוש מייעודם המקורי.
הממצאים הבעייתיים שעולים מן הסקר לא נדונו כלל בדירקטוריון מפעל הפיס, וכך זה לא קיבל החלטות שנוגעות לפעולות שצריכות להינקט למען שינוי המצב. מדוח המבקר עולה עוד כי מפעל הפיס עדכן את הרשויות המקומיות האמורות בממצאי הסקר, תבע לתקן את הליקויים ואף העמיד לחלקן מענקים לשיפוץ המבנים. אלא, שגם לאחר שהעמיד תקציבי שיפוץ, מפעל הפיס לא ניהל מעקב סדור אחר ניצול הכסף למטרות אלה: "במקרים שבהם התנה הפיס את מימוש המענקים העתידיים לרשויות בהשלמת הטעון תיקון, הוא עשה זאת לרוב באיחור, רק כשנתיים-שלוש לאחר קבלת ממצאי הסקר מ-2009", נכתב בדוח.
ב-2012 הסתכמו ההכנסות של מפעל הפיס בכ-5.07 מיליארד שקל, וחלק ניכר מהן חולקו כמענקים לרשויות המקומיות למען הקמה או שיפוץ של מבני ציבור המשמשים לתרבות, לחינוך, לבריאות ולרווחה. בשנת 2010, חילק הפיס לרשויות המקומיות מענקים בהיקף של כ-334 מיליון שקל; בשנת 2011 חילק לרשויות מענקים בהיקף של כ-420 מיליון שקל; וב-2012 הסתכם היקף המענקים שחולקו בידי הפיס לרשויות בכ-952 מיליון שקל.
בדיקת המבקר באגף ההקצאות של מפעל הפיס העלתה כי לא בכל המקרים הסכומים הגדולים שמועברים אל הרשויות המקומיות מגיעים לייעודם ומשמשים לרווחת הציבור.
בשנים 1990-1998 העמיד מפעל הפיס מענקים נרחבים להקמת 110 תחנות לבריאות השן ברחבי הארץ. מבדיקת המבקר עולה כי תוכנית זו לא לוותה במודל כלכלי לתפעול התחנות, כך שרשויות מקומיות רבות מתקשות להפעילן, וזאת, בין השאר, כי אין בידן לממן העסקת רופא שיניים ואספקה שוטפת של חומרים מתכלים. מבין 38 תחנות לבריאות השן שנבדקו ברחבי הארץ נמצא כי רק 16 משמשות לייעודן. בחלק מן המקרים, הרשויות השכירו את התחנות לרופאי שיניים פרטיים, ואחרות - הוסבו לשימושים אחרים. עוד העיר המבקר בדוח, כי "לא נמצא כי נוכח הקשיים שבתפעול השוטף של התחנות לבריאות השן ובעקבות הכנסת טיפולי השיניים לילדים עד גיל 12 לסל הבריאות בחודש יולי 2010, שקל הפיס אם יש מקום להמשיך ולכלול יעד זה ביעדי הסיוע שלו".
המבקר התריע וציין כי "על הפיס, כגוף ציבורי, לפעול כנאמן של אינטרס הציבור כדי שהכספים שהוא מגייס מן הציבור יגיעו ליעדם המוצהר".
ממפעל הפיס נמסר בתגובה: "מפעל הפיס אינו משמש כזרוע של רשות האכיפה, כי אם כגוף מתקצב בלבד, ועל כן אין להטיל עליו את האחריות לתחזוקת המבנים ולתיקון לקויים שהתגלו בהם במהלך השנים לאחר השלמת בנייתם. לצד כל זאת, מפעל הפיס ימשיך לנקוט בפעולות שונות מול הרשויות המקומיות על מנת להחזיר מבנים לא פעילים לפעילות ולהשיב מבנים לייעודם".