מנכ"ל נתיבי ישראל שי ברס החליט להתפטר מחשש לפתיחה בהליכים משמעתיים נגדו, ולא עזב מרצונו, כפי שנטען בהודעת החברה. ל"גלובס" נודע כי ברס זומן לפגישה אישית עם מנהל רשות החברות הממשלתיות אורי יוגב, על רקע ממצאי דוח הביקורת שהכין רו"ח קובי נבון עבור רשות החברות וכן לאור בדיקה שעורך משרד מבקר המדינה בחברה בפרשת מחלף דרור ובפרשות נוספות.
הפגישה התקיימה ביום שלישי האחרון ובמהלכה הבהיר יוגב לברס כי בכוונתו לנקוט נגדו הליכים משמעתיים וכי "כל האפשרויות פתוחות". יוגב לא דרש מברס להתפטר אך לשני הצדדים היה ברור כי זהו הצעד המתבקש. בעקבות הפגישה פרסם ברס ביום חמישי האחרון הודעה שלפיה בכוונתו לסיים את תפקידו בעוד כחצי שנה "בתום הקדנציה" ובמלאת ארבע שנים לכניסתו לתפקיד.
מערכת היחסים בין ברס לשר התחבורה ישראל כ"ץ העכירה בעקבות פרשת מחלף דרור ששקע שבועיים לפני פתיחתו המיועדת. עוד קודם לכן שררה מערכת יחסים מתוחה בין ברס לבכירי משרד התחבורה והאוצר שטענו כי הוא אינו מראה רצינות בטיפול בחריגות התקציביות ובחריגות בלוחות הזמנים של פרויקטים מרכזיים, כגון חריגה של מעל 100 מיליון שקל בסלילת הקטע הדרומי של כביש 4 ממחלף חולות לאשדוד, שנחשפה לראשונה ב"גלובס".
בנוסף הסתכסך ברס עם עובדים בחברה ובישיבה סוערת שנערכה לפני 3 חודשים הטיח בהם כי הם מפונקים. מנתיבי ישראל נמסר בתגובה כי "שי ברס יפרוש מתפקידו לאחר שישלים קדנציה מלאה בת ארבע שנים כמנכ"ל חברת נתיבי ישראל. ברס פורש לאחר שנים רבות כמנהל בכיר בשרות הציבורי ולאחר שמיצה עצמו בתפקיד".