סעיף 69 לחוק מיסוי מקרקעין מגדיר "נאמן" כמי שמחזיק בזכות במקרקעין או בזכות באיגוד מקרקעין עבור נהנה ו"נהנה" מוגדר כמי שמוחזקת עבורו הזכות כאמור. במקביל, לפי סעיף 69(ב) לחוק העברת הזכות מהנאמן לנהנה פטורה ממס שבח ולפי תקנה 27 לתקנות מס רכישה הנהנה פטור ממס רכישה.
סעיף 74 לחוק קובע, כי בעת רכישת זכות במקרקעין או זכות באיגוד על ידי נאמן עבור נהנה יש למסור למנהל מיסוי מקרקעין הודעת נאמנות ובה פרטי הנאמן ופרטי הנהנה עבורו נרכשה הזכות. הודעה זו יש למסור למנהל מיסוי מקרקעין תוך 30 ימים מיום רכישת הזכות.
פסיקה ענפה שדנה בסוגית הנאמנות הכבירה מילים בחשיבות מסירת הודעת הנאמנות במועד וזאת כדי למנוע מניפולציות והערמות על החוק. לדוגמא, מוכר נכס יטען כי רכש אותו בנאמנות עבור הרוכש כדי לזכות בפטור ממס שבח לפי סעיף 69 ופטור ממס רכישה לפי תקנה 27 בגין המכירה. למרות זאת, בפס"ד אביגדור זיו נקבע כי הודעת הנאמנות הינה במישור הפרוצדורלי וכאשר הוכחו יחסי נאמנות מהותיים בין הצדדים יש לשקול מתן אורכה להגשת הודעת הנאמנות באיחור, לפי הנסיבות.
סוגיית היותו של הנהנה מזוהה וידוע בעת רכישת הזכות במקרקעין על ידי הנאמן הינה בעלת חשיבות מיוחדת. רק רכישת נכס עבור נהנה קונקרטי תזכה את העברת הנכס אליו בפטור ממיסים. כך גם לעניין רכישת נכס בנאמנות עבור חברה בהקמה (פס"ד יוסף כהן ופס"ד הנרי לנדשפט). בכל מקרה אחר עשוי "הנאמן" להתחייב במס רכישה נוסף מלבד חיובו של "הנהנה" במס רכישה.
למותר לציין כי רכישת נכס בנאמנות עבור נהנה מחייבת, כי כבר בשלב חתימת החוזה לרכישת הנכס, קיים הסכם נאמנות בין הרוכש לנהנה. ייסודם של יחסי נאמנות לאחר מועד רכישת הנכס משמיטה את הקרקע מתחת טענת הנאמנות לצורך הפטור ממיסים.
בשנת 2006 הוסף לפקודת מס הכנסה פרק רביעי 2 ובו הסדר שלם וממצה של מיסוי נאמנויות בישראל. אין זה המקום לפרט את הסדרי המס על נאמנויות לפי הפקודה אולם חשוב לעמוד על כמה הבדלים בין מיסוי נאמנויות שיש להן זכויות במקרקעין לפי חוק מיסוי מקרקעין לעומת נאמנויות שאין להן זכויות כאמור.
הקניית מקרקעין לנאמנות תהווה העברה במישרין של המקרקעין מהיוצר בנאמנות לנהנה. העברה זו, ככל שהיא נעשית בין קרובים כמשמעותם בחוק מיסוי מקרקעין, תהיה פטורה ממס שבח אך תחויב במס רכישה (בד"כ, שליש) בידי הנהנה כבר בשלב ההקניה גם אם חלוקת המקרקעין לנהנה תהא בשלב מאוחר יותר. לעומת זאת, בנאמנות תושבי ישראל שהוקנה לה נכס שאינו מקרקעין, החיוב במס רווח הון לפי חלק ה' לפקודה בגין ההקניה יידחה לשלב חלוקת הנכס לנהנה. תשומת הלב כי גם הגדרת "קרוב" לפי הפקודה שונה מזו של חוק מיסוי מקרקעין.
חילופי נהנים בנאמנות, שיש לה נכסי מקרקעין, משמעותם מכירת הנכסים בין הנהנים והיא תחויב במס רכישה. בנאמנות ללא נכסי מקרקעין, חילופי נהנים אינו חייב במס כלל.
גם מכירת נכסי מקרקעין בידי הנאמן זוכה להתייחסות שונה, לעומת מכירת נכס אחר, שכן על מכירה זו לא יחול סעיף 75ו לפקודת מס הכנסה על ההוראות המיוחדות הכתובות בו. לדוגמא, מכירת המקרקעין בידי הנאמן בעסקת הפסד תגרום לשיוך ההפסד באופן אישי לנהנה לעומת ייחוסו, במקרה אחר, לנאמנות בלבד.
לעומת זאת, על הכנסות השוטפות של הנדל"ן המניב שבנאמנות יחולו ההוראות המיוחדות שבסעיף 75ו לרבות לעניין פטור מוגבל בתקרה של דמי שכירות.