פרק שלם בחוק ההסדרים מוקדש לפיצויי הפקעה. בפרק זה מוצע לשנות מהותית את דרך חישוב פיצויי ההפקעה של קרקע לצורכי ציבור הנהוגה היום, על פי קביעת בית המשפט העליון, על ידי שינוי סעיף 27 לחוק לתיקון פקודת הקרקעות וחזרה לשיטת הפיצוי שהייתה נהוגה לפני כן. המשמעות היא פיצוי נמוך יותר לבעלי קרקע שהופקעה - שיוחל גם על תיקים שכבר נידונים בבית המשפט אך טרם הוכרעו.
התיקון המוצע קובע פיצוי משתנה לפי תקופות. כך, התקופה הראשונה היא מיום תפיסת החזקה בקרקע ועד ל-4 ביולי 2012 ובה ישולמו פיצויים לפי דמי שכירות שנתיים שניתן היה לקבל על הקרקע. התקופה השנייה היא מ-4 ביולי 2012 ועד ליום כניסת החוק לתוקף, אז יעמוד הפיצוי על 5% לשנה משווי המקרקעין לפני הנתונים ערב ההפקעה. התקופה השלישית היא לאחר כניסת החוק לתוקף, ובה יחושב הפיצוי על פי דמי שכירות בפועל שניתן היה לקבל עבור המקרקעין.
כאמור, סעיף משמעותי בהצעת החוק קובע כי אופן חישוב הפיצויים הנ"ל יחול גם על תביעות התלויות ועומדות היום. כלומר, גם מי שהגיש תביעה עוד לפני כניסת החוק לתוקף יהיה מחויב בכללים שנקבעו בהצעת החוק.
התיקון לחוק עתיד להפחית במיליוני שקלים את תשלומי המדינה לבעלי קרקע שהופקעה.
חשוב להסביר בנקודה זו כי המדינה מתייחסת להלכה שנקבעה על ידי בית המשפט העליון, הלכת הייטנר, שקבעה כי הפיצוי לקרקע שהופקעה יחושב על פי אחוז משווי הקרקע בכל שנה מאז ההפקעה ועד תפיסת הקרקע בפועל. הצעת החוק החדשה משאירה את הלכת הייטנר בתוקף רק לתקופה שמאז קבלת ההלכה על ידי מבית המשפט החלטה עד אישור התיקון לחוק החדש, ומאז - מחזירה את המצב לקדמותו, כלומר הפיצוי יהיה לפי דמי שימוש ולא כאחוז משווי הקרקע.
בדברי ההסבר לחוק נאמר כי לאחר קבלת פסק הדין (הייטנר) לא הייתה ברורה למדינה מידת השפעתו על היקפי הפיצויים. אך בשנים האחרונות הוגשו למעלה מ-1,200 תביעות חדשות לפיצויים ועוד 600 דרישות חדשות לתשלום מצד רשות מקרקעי ישראל באותו הנושא. לפי חישוב שערכו באוצר, גובה הפיצויים על פי המצב הקיים היה עשוי להגיע ליותר מ-4.5 מיליארד שקל.
עוד מוסבר כי ההלכה יצרה מצב שמי שהגיש תביעה במועד ההפקעה זכה לקבל פיצויים נמוכים והובילה אנשים דווקא להשהות את התביעה כדי לקבל פיצוי גבוה יותר.
"שוב המדינה ומשרד האוצר בוחרים להיכנס בדלת האחורית, והפעם הם שמים עצמם מעל בית המשפט העליון", אומרת שמאית המקרקעין והמשפטנית נחמה בוגין, "יש הלכה שנקבעה, איך צריך לפצות את הציבור פיצוי צודק. לפני כן, היה סעיף לא ברור, ועברו שנים עד למימוש ההפקעה בפועל. הפיצוי שהיה לפני הלכת הייטנר היה נמוך. מה שקורה עכשיו זה שהמחוקק לא מכבד את עמדת בית המשפט העליון ומנסה לייצר סעיף עוקף. גם קביעה שגם תביעות שעומדות בנושא ייכללו בתיקון החדש בעייתית".