ל"גלובס" נודע כי עורכי דינו של הרב הראשי לישראל לשעבר יונה מצגר - טל גבאי, יהודה פריד וטופז איתן - הגיעו בימים האחרונים להסכמה עם פרקליטות מחוז ירושלים לשחרר את מרבית נכסי הרב ובני משפחתו שנתפסו על-ידי המדינה בתחילת חקירתו של מצגר וכן להחזיר לידי הרב כ-750 אלף שקל במזומן מכספי קרן השתלמות של מצגר. שופט בית המשפט המחוזי בירושלים, אריה רומנוב, נתן תוקף של החלטה להסכמת הצדדים.
בין היתר ישוחררו דירות שרשומות על שם בתו של מצגר, מוריה האופט, ובעלה. המדובר בדירה בירושלים ובדירה ברחוב חתם סופר בבאר-שבע. דירה נוספת בירושלים שנתפסה ותשוחרר רשומה על שם דוד ואודליה גרופמן, בת נוספת של מצגר. כן תשוחרר דירה הרשומה על שם מרדכי ותהילה מצגר.
בצוות ההגנה של הרב מצגר הגיבו להתפתחויות בקורת-רוח. "כפי שאמרנו מתחילת הדרך, לא הייתה כל עילה לתפיסת הנכסים ששוחררו, ואנו שמחים לדעת כי גם הפרקליטות השתכנעה בסופו של יום שנכסים אלה מומנו מכספים כשרים". אמר עו"ד טל גבאי. לדבריו, "כעת תתאמץ הפרקליטות להראות היכן מצויים אותם 10 מיליון שקל אשר ניתנו לטענתה לרב ככספי שוחד".
גם מקורביו של הרב קיבלו כצפוי את הבשורה בשמחה. לטענת המקורבים, "מצגר עבר תקופה לא קלה, כאשר הגבילו את יכולתו להתנהל ברמת היומיום באמצעות תפיסה לא הגיונית של רכוש המשפחה, שנצבר בעמל רב שנים כחוק ובדרך ישרה. מלכתחילה חשבנו שזו פעולה לא עניינית, ואנו שמחים שהאמת יצאה לאור. כרגע הרב נערך לקרב העיקרי על חפותו בבית המשפט".
באוקטובר 2015 הגישה פרקליטות מחוז ירושלים לבית המשפט בעיר כתב אישום חמור נגד מצגר, שמייחס לו ביצוע עבירות שוחד, מירמה ועוד בעת שכיהן בתפקידו רם-המעלה.
כתב האישום, שהוגש באמצעות עורכי הדין דניאל ויטמן, אילה גלברד-יעקב ושני טביב, מציג איש ציבור מושחת מן היסוד לכאורה. נטען כי הרב מצגר ביצע לכאורה במהלך שנות כהונתו כרב הראשי לישראל עבירות רבות, ובהן קבלת שוחד, הפרת אמונים, קבלת דבר במירמה בנסיבות מחמירות, גניבה בידי מורשה, קשירת קשר לביצוע פשע, הלבנת הון ועבירות מס, תוך שהוא פועל במסגרת תפקידו ומנצל לכאורה את מעמדו הרם.
לטענת הפרקליטות, במהלך ביצוע העבירות וכתוצאה מהן קיבל הרב לכאורה סכומי שוחד בסך כולל של כ-8 מיליון שקל (כ-10 מיליון בשיערוך להיום), ומתוכם נטל לכאורה לכיסו סך של כ-5 מיליון שקל (כ-7 מיליון בשיערוך להיום).
במרבית המקרים, נטען, שימש חיים אייזנשטט, נהגו האישי של הרב מצגר, כשליחו לקבלת כספי העבירות.