השאלה, האם חלה על המשלם (הרוכש) החובה לנכות מס במקור מהתמורה המשולמת למוכר בעת רכישת מקרקעין, היא שאלה אשר עלתה חדשות לבקרים בפני העוסקים בתחום הנדל"ן. מפאת חוסר בהירות של הוראות החוק והתקנות לעניין זה, במשך שנים נותרה שאלה זו ללא תשובה ברורה. ברם, נראה, כי תיקון שערך שר האוצר בצו מס הכנסה (קביעת תשלומים בעד שירותים או נכסים כהכנסה) אך לאחרונה, יש בו כדי לתת מענה (אם כי חלקי) לשאלה זו.
חוסר הבהירות בעניין זה נבע משום חוסר הקורלציה אשר הייתה קיימת בין סעיף 164 לפקודת מס הכנסה, אשר מהווה, לכאורה, המקור החוקי להטלת חובת ניכוי מס במקור על רוכשי מקרקעין, לבין הנוסח הדווקני של צו מס הכנסה הנ"ל, טרם התיקון האמור, אשר תכלית התקנתו הייתה, ככל הנראה, להרחיב את רשת המס כך שתכלול חובת ניכוי מס במקור גם בגין סכומים המשתלמים בעד שירותים או נכסים שאינם נכללים בצווים הספציפיים.
כך, מורה סעיף 164 לפקודת מס הכנסה, כי כל המשלם תמורה הונית במובן סעיף 88 לפקודת מס הכנסה, חייב לנכות ממנה מס במקור באופן ובשיעורים שנקבעו על ידי שר האוצר. המונח "תמורה" מוגדר בסעיף 88 לפקודת מס הכנסה כמחיר ששולם בעד "נכס". ברם, מהמונח "נכס" המוגדר באותו סעיף מועטו במפורש זכויות במקרקעין שעל מכירתם מוטל מס שבח לפי חוק מיסוי מקרקעין. מכאן, שהוראת סעיף 164 לפקודת מס הכנסה לא מחילה חובת ניכוי מס במקור ברכישת זכות במקרקעין.
מאידך, צו מס הכנסה הנ"ל, הגדיר את המונח "נכס" ככל רכוש בין מקרקעין ובין מיטלטלין, וקבע כי תשלומים בעד נכסים כאמור יהוו הכנסה לעניין סעיף 164 לפקודת מס הכנסה. ברם, הואיל ובמסגרת הצו אין כל הגדרה למונח "מקרקעין", הרי שהסתמכות על חוק מיסוי מקרקעין מלמדת שפירושו של מונח זה הינו "קרקע, כל הבנוי והנטוע עליה וכל דבר אחר המחובר אליה חיבור של קבע, זולת מחוברים הניתנים להפרדה". מכאן, שלכאורה, על פי הצו, טרם התיקון האמור, הייתה קיימת חובה חוקית על המשלם לנכות מס במקור מהתשלומים המשולמים למוכר בגין רכישת המקרקעין.
והנה, עולה מהאמור, כי, מחד, הוראת סעיף 164 לפקודת מס הכנסה לא מחילה חובת ניכוי מס במקור ברכישת זכות במקרקעין, ומאידך, הנוסח הדווקני של צו מס הכנסה הנ"ל טרם התיקון האמור, עשוי היה ללמד בדיוק ההפך.
הבעיה האמורה באה לקיצה (בחלקה) אך לאחרונה, עת הוסיף שר האוצר במסגרת הצו האמור, חריג נוסף אשר הוציא מגדר התשלומים שחייבים בניכוי מס במקור, עסקאות מקרקעין בהן מועברים תשלומי מקדמה על חשבון מס השבח על פי סעיף 15 לחוק מיסוי מקרקעין, וכל זאת לפי התנאים האמורים בצו.
ואולם, אף על פי שהתיקון האמור אינו נותן פתרון למקרים מסוימים אשר בהם אין כלל צורך בתשלום מקדמה - למשל כאשר עסקינן ברכישה אשר פטורה ממס שבח לפי הוראות חוק מיסוי מקרקעין (שם שאלת החבות הלכאורית לנכות מס במקור על פי הצו בעינה עומדת), הרי שהתיקון האמור מהווה בשורה טובה לחלק גדול מציבור רוכשי המקרקעין.