לאחר ביטול הפטור ממס לקק"ל נותרו עדיין שני גופים בעלי נדל"ן הנהנים מפטור ממס על רווחיהם. הגוף הראשון הוא קרן רוטשילד קיסריה השולטת בכ-30 אלף דונם באזור קיסריה ואור עקיבא. הקרן, שנוסדה על-ידי הברון אדמונד דה רוטשילד, נכדו של "הנדיב הידוע", העבירה בסוף שנות ה-50 את אדמות קיסריה לקרן רוטשילד קיסריה, והזמינה את המדינה להיות שותפה שווה (50%) בקרן.
ב-1962 חתם שר האוצר, לוי אשכול, על הסכם ל-30 שנה עם משפחת רוטשילד שקבע מודל ייחודי המעניק לקרן פטור מלא ממס, כאשר בתמורה כל ההכנסות מפיתוח היישוב קיסריה עוברות מחברות-הבת של הקרן (החברה לפיתוח קיסריה והחברה לנכסי קיסריה) לקרן, וזו תורמת את רווחיה לקידום החינוך וההשכלה הגבוהה בישראל.
ב-1992 הוארך הפטור ב-30 שנה (עד 2022) על-ידי שר האוצר דאז, שמעון פרס. מאז 2006 מתקיים סכסוך בין מדינת ישראל לקרן על התחייבות המדינה לפטור ממס, זאת על רקע דוחות מבקר המדינה שגילו כי הקרן תרמה רק מיליונים בודדים מרווחיה למערכת ההשכלה הגבוהה. הקרן מצידה איימה כי תקדם חוק שיעגן את הפטור ממס שלה לצמיתות.
גוף נוסף הנהנה מפטור ממסים הוא מוסדות הכנסייה הקתולית בישראל. המוסדות נהנים מהעובדה שהם שייכים למדינה ריבונית זרה, הכס הקדוש (הוותיקן). בין הוותיקן לישראל מתנהל זה כ-20 שנה הליך שנועד להסדיר את נושא הזכויות במקרקעין והפטור ממס - אך עד כה ללא תוצאות.