בשנת 2007 טלטלה את רשות המסים "פרשת המינויים ברשות המסים", עם מעצרם של בכירי הרשות דאז (בהם ראש הרשות דאז ג'קי מצא) והרשעתם בעבירות שוחד, הפרת אמונים ועוד. זאת, לאחר שאפשרו לאנשי עסקים וגורמים אינטרסנטים דריסת רגל בהחלטות המתקבלות ברשות. שנים אחרי שהפרשה הסתיימה, הורגשו גלי ההדף של הפצצה שהוטלה ברשות עם חשיפת הפרשה. הפרשה פגעה קשות בתדמיתה של רשות המסים ובאמון הציבור בה.
חלף למעלה מעשור, אך נראה כי הלקחים מהפרשה לא הופנמו במלואם. כך קובע מבקר המדינה, יוסף שפירא, בפרק מיוחד שהקדיש בדוח השנתי שלו ללקחי הפרשה. במסגרת הדוח קובע שפירא כי רשות המסים פספסה את ההזדמנות לתקן את הליקויים בעבודתה אשר התגלו בעקבות הפרשה ולצמצם את החשש לפגיעה בטוהר המידות על-ידי עובדיה.
דוח המבקר סובב סביב יישומן של המלצות ועדה שהוקמה במרץ 2009, ברשות היועץ המשפטי דאז של הרשות, להפקת לקחים בעקבות גילויים שעלו מפרשת רשות המסים. אגב הדיון הציבורי בפרשה עלה כי תהליכי העבודה ברשות אינם מאפשרים להתחקות אחר כל הגורמים המעורבים בתהליך קביעת מס לנישום (נתיב הביקורת), וזאת כדי לאתר טעויות בשיקול-דעת או הפעלת שיקולים זרים בקביעת השומה.
הוועדה הגישה את המלצותיה למנהל הרשות במרץ 2011, שהודיע כי הוא מאמץ את ההמלצות. ואולם, כפי שעולה מדוח המבקר, מרבית ההמלצות לא יושמו. בין היתר עלה בדוח המבקר כי בקביעת שומות מעורבים לעתים גורמים הן מהדרג המבצע (למשל, רכז החוליה) והן מהדרג המאשר (למשל, סגן פקיד השומה), וזאת ללא בקרה על קביעת השומה ומבלי שניתן יהיה לאתר שומות שנעשו בשגגה.
עוד ציין המבקר כי בהתאם להמלצת הוועדה ולהנחיה שיצאה בעקבותיה, אם מתעוררות אגב עבודת השומה והביקורת סוגיות עקרוניות מהותיות שיש להן השלכות רוחב, ולגביהן אין פסיקה סופית או הנחיית הנהלה מפורשת, יש להביאן לפני הלשכה המשפטית או החטיבה המקצועית. כך גם בנוגע לכל תיק שבו מתעוררת סוגיה בעלת השלכות מס בסכומים ניכרים. המלצה זו לא יושמה. "הועלה כי ברשות אין נוהל המחייב לתעד באופן מלא בתיק הנישום היוועצויות עם הרפרנט המקצועי ועם הרפרנט המשפטי בתהליכי השומה", ציין המבקר.
עוד עלה בביקורת כי למרות המלצת הוועדה עדיין לא הוגדר קוד מחשב שבו תסומן מעורבות פקיד השומה בעריכת השומה של נישום מסוים. הפועל היוצא מכך הוא שאין "טביעת אצבע" של כל גורם ברשות שנגע בתיק.
המבקר התייחס גם לניגודי עניינים של עובדי הרשות בנושא מתן הרצאות, תוך שהוא מציין כי לא יושמה המלצת הוועדה כי בנוגע לעובדים המשמשים מרצים או מתרגלים במוסדות אקדמיים ייערך הסדר ניגוד עניינים, ובמסגרתו יתחייבו להימנע מלטפל בעניינים או בתיקים הקשורים למייצג שהוא מרכז הקורס או המרצה בקורס או מי שאחראי לשיבוץ המרצים בקורס. "ברשות אין נוהל המחייב כל עובד רשות המשמש גם מרצה במוסד אקדמי לחתום על הסדר ניגוד עניינים", נקבע בדוח.
שעת כושר לבדק-בית
המבקר ציין בדוח כי "הוועדה להפקת לקחים הוקמה על רקע פרשה קשה של פגיעה בטוהר המידות ברשות המסים, ובמטרה למנוע הישנות של מקרים כאלה בעתיד ולהשיב לרשות המסים את אמון הציבור בה. מצבור הליקויים שנחשפו בתפקוד הרשות בעת חקירת הפרשה זימן לקברניטי הרשות שעת כושר לערוך ברשות בדק-בית אמיתי. מן הביקורת עולה כי חלק ניכר מהמלצות הוועדה לא יושמו".
לדברי שפירא, "על הרשות לנהוג באחריות המצופה ממנה וכנדרש בכללי מינהל תקין ולפעול למניעת הישנותם של מקרים דומים; עליה לשוב ולבחון את המלצות הוועדה ולפעול ליישומן כדי לשפר את תפקודה בתחומים שנבדקו".
בפרק נוסף בדוח השנתי המוקדש לרשות המסים, מתייחס המבקר לעבודתן של הוועדות המקצועיות המוקמות ברשות המסים לטיפול בסוגיות מס. את הוועדות מקים מנהל הרשות, ובראש כל ועדה הוא מעמיד עובד בכיר ברשות. היוזמה להקמת הוועדה היא לעתים חיצונית, ובהן ועדות מס שהוקמו ביוזמת משרד האוצר או משרד המשפטים. חלק מהוועדות מוקמות לשם מציאת פתרונות לכשלים וליקויים הידועים מראש, וחלק מוקמות לשם מיפוי ואיתור של ליקויים בתחום פעילות מסוים נוסף על אלה שכבר ידועים.
על-פי ממצאי המבקר, סדרי העדיפויות לביצוע שינויים במדיניות מס מסוימת או בפעילות הרשות נקבעים "באופן מתגלגל" משנה לשנה ולא על-פי תוכנית עבודה סדורה רב-שנתית. המבקר מציין כי הדברים עלו גם בדוח מבקר המדינה אשר פורסם באוקטובר 2013, בנושא "החלטות בתחום המסים - תהליך קבלתן והתאמתן ליעדי הממשלה" - ובכל זאת ליקוי זה טרם תוקן.
המבקר ציין עוד כי ברשות לא מתקיים מעקב אחר עבודת מרבית הוועדות המקצועיות הפנימיות, על-ידי גורם מרכז בדרג מטה; עבודות מטה נקטעות באיבן ואינן מקודמות; לא קיימת מתודולוגיה לפעילות של ועדות מקצועיות ולטיפול בהמלצות מיסוי שלהן; ולעתים קרובות, כאשר אימוץ המלצות ועדה מסוימת ברשות או ועדה בין-משרדית מצריך יוזמות חקיקה - לא קודמו יוזמות חקיקה מתאימות.
תגובת רשות המסים: "לא ברורה לנו הביקורת"
רשות המסים דוחה את ממצאי המבקר. בתגובה לממצא לפי לא הופקו לקחים מפרשת רשות המסים, נמסר: "אנו חולקים על האמירה לפיה הרשות 'החמיצה הזדמנות' לטיפול בליקויים בעקבות פרשת רשות המסים. הרשות טיפלה ותיקנה את מרבית הליקויים המהותיים שעליהם הצביעה הוועדה. בין היתר, הרשות גיבשה והטמיעה קוד אתי המשמש מצפון ערכי לעובדי הרשות.
"לעמדתנו, הליקויים עליהם מצביע המבקר, ככאלה שהטיפול בהם טרם הסתיים, הם במישור הטכני, והטיפול בהם יושלם בהתאם לחשיבותם ולסדרי עדיפויות".
בעניין הוועדות מקצועיות נמסר מרשות המסים כי "מרבית הנושאים אשר מצוינים בדוח קיבלו מענה מקיף וטופלו בפלטפורמות ודרכי פעולה שונות ובחקיקה, בהתאם לחשיבותם ולסדרי עדיפויות (סגירת פרצות מס, מיסוי חברות ארנק, מיסוי יהלומנים, מיסוי קיבוצים, תכנוני מס, BI ועוד). לבל נשכח כי המדובר בהמלצות של ועדה, ואם הרשות נתנה מענה לנושאים שנבחנו, גם אם לא בפלטפורמה עליה המליצה הוועדה - לא ברורה לנו הביקורת".