בדצמבר 2017 נחתם הסכם גג בין המדינה לעיריית נתיבות, על פיו יוקמו 13 אלף יחידות דיור חדשות. מספר התושבים, העומד כיום על 30 אלף, צפוי לגדול בעקבות זאת ב-50 אלף תושבים שיתווספו לעיר בעשור הקרוב.
לצורך מימוש הסכם הגג, מקודמות בותמ"ל ארבע תוכניות שונות במסלול מהיר. אולם לטענת המועצה האזורית שדות נגב הסמוכה לנתיבות, אחת התוכניות, המיועדות להקמת שכונה חרדית בשם "רמות אמיר" כלל אינה מקודמת על קרקע של נתיבות אלא על קרקע השייכת לה, ואת שיוכה הסופי תכריע ועדת גבולות שהוקמה לשם כך בדצמבר 2018.
אלא שלטענת המועצה, עוד לפני ששמעו חברי הוועדה את עמדתה של המועצה, כבר הביעו בפומבי עמדה התומכת בהעברת השטחים לנתיבות, ואף שטחים נוספים מעבר לאלה שביקשה נתיבות, לרבות אזור תעסוקה קיים המספק את ההכנסה היחידה שממנה מתקיימת המועצה.
במכתב ששיגרה המועצה האזורית שדות נגב באמצעות עוה"ד אבי פורטן וקירה לרנר ממשרד אגמון ושות' רוזנברג הכהן ושות', לשר הפנים אריה דרעי, ולמנכ"ל המשרד מרדכי כהן, מבקשת המועצה לבטל את ועדת הגבולות, לפסול את חברי הוועדה הגיאוגרפית דרום, ולהקפיא את הליכי ועדת הגבולות בין נתיבות ושדות נגב.
לטענת המועצה, נודע לה לראשונה על קיום הוועדה שבועיים בלבד לפני הדיון הראשון שנקבע לסוף פברואר 2019. עוד היא טוענת כי חרף בקשותיה לדחות את הדיון ולאפשר לה פרק זמן מינימלי להיערך אליו, הדיון לא נדחה ואף נקבעו דיונים נוספים ונערף סיור בשטח.
אולם הטענה המרכזית שמעלה המועצה היא כי יו"ר הוועדה הגיאוגרפית יעקב אפרתי התבטא בדיון שהתקיים לאחר הסיור בעד דרישתה של עיריית נתיבות לקבל לידיה את השטח המבוקש על ידה לאזור התעשייה, ואף הוסיף ותהה מדוע עיריית נתיבות אינה מבקשת לקבל שטחים נוספים, לרבות אזור התעשייה הקיים של שדות נגב. לעמדה זו הצטרף חבר הוועדה אבי הלר.
עוד נטען במכתב כי הלר בתפקידו הקודם כממונה על מחוז הדרום, נדרש לבקשתה של נתיבות להעברת שטחי אזור התעשייה הקיים לתחום שיפוטה עוד בשנת 2015 והביע כבר אז, עמדה נחרצת וברורה התומכת בהעברת שטחים לנתיבות וגיבש דעה ברורה בנושא. לטענת המועצה באופן זה גילו אפרתי והלר את דעתם המוגמרת התומכת באופן ברור בהעברת שטחים לנתיבות.
"קביעת העמדה והצגתה בפומבי עוד לפני ששדות נגב הציגה עמדה כלשהי בפני הוועדה, פגעה ופוגעת באופן חמור ביותר בסדרי מינהל תקינים, ומלמדת כי הוועדה הגיאוגרפית אינה דנה ואינה יכולה לדון בנושא בלב פתוח ונפש חפצה".
ראש המועצה האזורית שדות נגב, תמיר עידאן, אמר ל"גלובס" כי "אזור התעשייה הקיים של שדות נגב הוא החמצן של המועצה וההכנסה המרכזית שלה. במידה ואזור התעשייה הקיים והעתידי יועברו לנתיבות, לא יהיה למועצה ממה להתקיים".
להתנהלות זו, טוענת שדות נגב, "מצטרפת הוותמ"ל, שדנה בתוכנית שהגישה עיריית נתיבות שלא כדין. התנהלות זו אף מחזקת את המסקנה לפיה העברת השטחים לנתיבות היא עניין גמור ומוגמר מבחינת הרשויות המעורבות בכך. התנהלות זו פוגעת קשות בכללי הצדק ובחובה לתת למועצה האזורית שדות נגב לטעון ולהישמע. הדבר חמור במיוחד כאשר התנהלות זו באה לידי ביטוי ערב הבחירות ובאופן המקים חשש ממשי להעדפות פוליטיות צרות תוך עקיפת האינטרס הציבורי".
ממשרד הפנים נמסר בתגובה: "הוועדה בוחנת את סוגיית שינוי גבולות השיפוט בצורה אובייקטיבית וללא דעה מוקדמת. אין כל שחר לטענה כי לוועדה כבר יש עמדה בנושא, בטרם זו בחנה את הנושא לעומק. יודגש כי טרם הבחירות לא תתקבל החלטה בנושא וזאת בהתאם להחלטת היועץ המשפטי לממשלה לכלל משרדי הממשלה".