מרדכי כהן / צילום: משרד המשפטים
שר הפנים אריה דרעי החליט הבוקר (ג') למנות את מנכ"ל משרד הפנים, מרדכי כהן, ליו"ר הזמני של המועצה הארצית לתכנון ובנייה וליו"ר הזמני של הות"ל (הוועדה לתשתיות לאומיות). אריאל יוצר, סגן ראש אגף תקציבים באוצר, ימשיך לכהן כיו"ר הזמני של הותמ"ל (הוועדה הארצית לתכנון ולבנייה של מתחמים מועדפים לדיור), עד למינוי קבוע.
מרדכי כהן הוא בעל תואר ראשון ושני במדע המדינה מהאוניברסיטה העברית בירושלים ותואר שני במינהל עסקים מאוניברסיטת מנצ'סטר. הוא בוגר בית הספר למנהיגות חינוכית, מכון מנדל, ירושלים ותוכנית גוונים של פדרציית סן פרנסיסקו. בשנת 1997 סיים את התוכנית להכשרת פעילי ציבור של האוניברסיטה העברית בירושלים.
בין השנים 2012-2010 עבד כהן בקרן רש"י, ובין השנים 2012-2016 שימש כמנהל מינהל השלטון המקומי במשרד הפנים. בנובמבר 2016 מונה ע-ידי שר הפנים דרעי לממלא מקום-המנכ"ל במשרד, וקיבל את תפקיד המנכ"ל בשנת 2017.
הסכמי-הגג הונהגו בתקופת כהונתו של משה כחלון כשר האוצר כאמצעי שלפיו המדינה מתחייבת לממן את הקמת התשתיות במקביל להקמת שכונות מגורים חדשות, ואילו ראשי הערים מתחייבים בתמורה לתת את ברכתם להקמת שכונות ענק ולהוציא היתרי בנייה במלואם. בשנת 2017 יצא כהן נגד הסכמי-הגג ואף אמר: "באים אליי ראשי רשויות שמחים שחתמו על הסכמי-גג, כי פתאום יקימו להם אולמות ספורט, טיילת, פארקים, אבל מהר מאוד הם תופסים את הראש ומבינים שהם חייבים תקציב דחוף ממשרד הפנים, אחרת הם יפשטו רגל". לדבריו, הסיוע הממשלתי בהקמת תשתיות על ומבני ציבור חשוב, אך הסכנה היא שברגע שהסכמי-הגג ייושמו ויגיעו התושבים, הרשות לא תוכל לספק להם את השירותים השוטפים.
בחודש אפריל 2019 התראיין כהן ל"גלובס" והצהיר בצורה ברורה, לראשונה, כי הוא רואה חשיבות בהחזרת גופי התכנון ממשרד האוצר למשרד הפנים: "צריך להחזיר את גופי התכנון למשרד הפנים, כולל הותמ"ל", אמר. "הותמ"ל רץ קדימה עם השכונות החדשות, נוצר פירבור, ולא איזנו בצורה נכונה את ההשקעה גם במרכזי הערים וההתחדשות העירונית. משרד הפנים הוא היחידי שרואה את התמונה הגדולה. צריך להבין שבסוף, ליבת היסוד היא הרשות המקומית. רשות מקומית לא יודעת להפריד בין תכנון לבין מצב כספי. זו הפרדה מלאכותית, וצריך לאזן בין הדברים. המקום היחיד שלא תתבצע בו הפרדה מלאכותית זה רק משרד הפנים, ולא שום משרד אחר".
על-פי חוק התכנון והבנייה, המועצה הארצית לתכנון ולבנייה היא המוסד התכנוני העליון במדינת ישראל לתכנון ובנייה. מתחת למועצה הארצית פועלות הוועדות המחוזיות, ולמטה הוועדות המקומיות או האזוריות. המועצה מורכבת מ-32 חברים: 11 חברי ממשלה או נציגיהם, נציג רשות הטבע והגנים, חמישה נציגי ראשי ערים, שלושה נציגי מועצות מקומיות, שני נציגי מועצות אזוריות, נציג המהנדסים והאדריכלים, נציגת ארגוני הנשים, נציג המוסדות האקדמיים באופן מסורתי מטעם הטכניון, נציג המוסדות המיישבים, סוציולוג, נציג ארגון-הגג של הארגונים הסביבתיים ונציג הדור הצעיר.
מרדכי כהן יחליף את זאב בילסקי, שמונה בחודש מרץ 2018 לראש מטה הדיור הלאומי ומתוקף זה כיהן גם כיו"ר המועצה הארצית לתכנון ובנייה.