תקציבו של המוסד - בשמו המלא המוסד לתפקידים מיוחדים, גוף הביון רב המעללים הנחשב לאחד מהטובים מסוגו בעולם - נמצא בתוך תקציב משרד ראש הממשלה ונכלל ביחד עם שירות הביטחון הכללי בסעיף ארגוני ביון. ב-2019 הסתכם תקציב שני הארגונים בעשרה מיליארד שקלים, ולפי פרסומים בתקשורת הישראלית המוסד ביקש ואמור היה לקבל תוספת נכבדה לתקציב, זה בין השאר בשל המאבק במאמצי איראן להשיג פצצה גרעינית.
אלא שסעיפי התקציב של המוסד חסויים לחלוטין - ומדוח המבקר על תכנית הבינוי הענקית של המוסד עולים ליקויים ביישום תקציבים בהיקף של מליארדי שקלים, ומתקציב מקורי של מיליארד וחמש מאות מיליוני שקלים, הוא עשוי לתפוח לשני מיליארד ושש מאות מיליון. זאת במדינה שמונה פרוטה לפרוטה בתקציבי הרווחה שלה למשל.
ממצא מדהים של המבקר בדוח על התכנית מעלה כי תכנית האב לבינוי ותקציב הפרויקט לא הובאו לאישור בפני ראש הממשלה כשר הממונה ולאחר מכן התכנית ותקצובה לא הובאו לאישור ועדת שרים לעניין אישור תכניות פיתוח והצטיידות של מערכת הביטחון כנדרש לגבי פרויקטים שעלותם נאמדת בסכום העולה על 500 מיליוני שקל (בתקציב רב-שנתי). כלומר המוסד התנהל כאן בהתאם להחלטה ראשונית של ראש הממשלה ומשם פעל במנגנון עצמאי ונפרד וללא כל בקרה ליישום התכנית.
ראש הממשלה החליט בפברואר 2013 "להשאיר את מטה המוסד במקומו תוך הבטחת יכולתו לפעול". באוגוסט 2014 נחתם הסכם 'משולש' (המוסד, משרד האוצר, רשות מקרקעי ישראל) לביצוע שלב א' של תכנית אב לבינוי ולמימונה; קדמה לכך עבודה שגיבש המוסד למימוש צרכי הבינוי והתשתית שלו עד שנת 2040 במסגרת "תכנית אב 2040".
תכנית האב כוללת פרויקט רחב היקף ועתיר משאבים שפרטיו לא נמסרו ואפשר רק לנחש כי מדובר בהיבטים טכנולוגיים של עבודת הביון. עלות ההסכם 'המשולש' לביצוע שלב א' של תוכנית האב עמדה על 1.5 מיליארד שקל.
אלא שהמוסד, כך על פי המבקר, לא סיכם עם משרד האוצר עד למועד סיום הביקורת את מלוא תקציב הפרויקט: זאת, על אף שהתוכנית תוקצבה מלכתחילה, כאמור, בסך של כ-1.5 מיליארד שקל. אם יממש המוסד את כל התכולות אותן הציג, אזי לעלויות תכנית האב יתווספו כ-1.081 מיליארד שקל ועלויותיה צפויות להסתכם בכ-2.6 מיליארד שקל.
מבקר המדינה מצא עוד כי במסגרת תוכנית האב לבינוי במוסד, המוסד לא השלים עבודה כוללת לבחינת עלויות הקיום שלו, ונמצאו ליקויים בהתוויית כח האדם של המוסד כבסיס לתוכנית האב. המבקר קובע כי המל"ל לא עשה את תפקידו "לשמש עין בוחנת של הפרויקט ברמה הלאומית" - ולמעשה לא היה בתמונה בעת התכנון והביצוע של הפרויקט עתיר המשאבים "למרות חשיבותה המבצעית ובה בעת נוכח עלותה הכספית הגבוהה - של התכנית".
כן נקבע כי המוסד לא סיכם עם משרד האוצר עד למועד סיום הביקורת את מלוא תקציב הפרויקט.
בדוח נאמר כי הגם שהמוסד הכין תוכנית רב שנתית לבינוי במוסד, המוסד לא השלים עבודה כוללת לבחינת עלויות הקיום שלו המתבססת על תכנית רב-שנתית מפורטת לגידול בכוח האדם. בחינה זו של עלויות הקיום היא נדבך בסיסי להתוויית המענה אותו אמורה תכנית האב לספק לצורכי המוסד ולדרישותיו לשנים לבוא. עוד נמצאו ליקויים בהתוויית צרכי כח האדם של המוסד כבסיס לתוכנית האב, אשר אמורה לספק מענה לגידול במספר העובדים בו.
וכך, המוסד ביסס את תחזיותיו באשר לגידול הצפוי בנתוני כוח האדם על מאפייני הגידול בפועל במשך השנים שעברו, ולא בחן את צרכי הגידול באנשים אל מול המשימות, אותן הם אמורים לבצע. בפרט, לא עלה שנותחו העיסוקים, או שנבחן עומס העבודה המוטל על המועסקים במגוון התפקידים, ולא נמצא שנעשה ניתוח משימות - שממנו אמור להיגזר מספר בעלי התפקידים הייעודיים הדרוש לביצוע אותן המשימות, אנשי המטה והתמיכה הנדרשים.
בחלק המסקנות מבקר המדינה אנגלמן ממליץ, כי המוסד יביא פרויקטי בינוי מרכזיים תומכי לחימה בעלויות המחויבות לאישור השר הממונה - ראש הממשלה - ובאמצעות המטה לביטחון לאומי לאישור ועדת שרים רלוונטית. כמו כן, ממליץ מבקר המדינה לאשר את מלוא עלויות פרויקטים טרם היציאה לדרך, גם במקרים של תקציב לפי שלבים.
חסרה כאן המסקנה המתבקשת של פיקוח מיניסטריאלי או פרלמנטרי על תכנית בהיקף כזה של מיליארדי שקלים - גם אם מדובר בגוף ביון חשאי.
תגובת המוסד: "המוסד למודיעין ותפקידים מיוחדים הוא גוף מרכזי בקהילת הביטחון של מדינת ישראל וזוכה להכרה מצד הדרג המדיני והביטחוני.
"עקב התגברות האיומים הביטחוניים על ישראל ובשל תרומתו הייחודית והמכרעת, גדל חלקו של המוסד במערכה על הביטחון הלאומי ומשימותיו הלכו והתרחבו בשנים האחרונות. כתוצאה מכך, קיבל המוסד תוספות של משאבים ותקנים, על מנת שיוכל לממש את ייעודו לפעול באופן מיטבי למען ביטחון המדינה.
"תכנית האב לבינוי של המוסד נכתבה לאחר תכנון מעמיק ונוהלה בשקיפות ובפיקוח מלא של משרד האוצר, בכפוף לתקציב המאושר של המוסד, תוך הקפדה שלא ליצור התחייבויות שאינן מאושרות תקציבית על ידי משרד האוצר.