אבי ניסנקורן / צילום: עדינה ולמן, דוברות הכנסת
על הקמתה של מח"ש כגוף עצמאי שכפוף למשרד המשפטים ושמנותק מהמשטרה, הוחלט ב-1991. המחלקה החלה לפעול שנה לאחר מכן. במח"ש משרתים כיום כ-40 חוקרים, כ-20 תובעים פרקליטים, וכן עובדי מינהלה.
משרד המשפטים מתגאה בכך שמח"ש היא "מחלקה ייחודית, המתאפיינת בשילוב
דיסציפלינות מקצועיות שונות (עבודת פרקליטות, מודיעין, חקירות)". אלא שהפעילות של מח"ש מוגבלת וסמכויותיה מוגבלות. למשל, היא אינה מוסמכת לדון בכל תלונה על אלימות או התנהגות לא הולמת של שוטר - אלא רק באירועים החמורים ביותר. מח"ש מוסמכת לחקור חשדות לעבירות שבוצעו בידי שוטרים ושהעונש עליהן עולה על שנת מאסר אחת. המחלקה מוסמכת לחקור גם אזרחים החשודים בביצוע עבירה יחד עם אנשי משטרה, וכן חשדות הנוגעים לביצוע עבירות על ידי אנשי שירות הביטחון הכללי (שב"כ) במהלך תפקידם.
הסניגוריה הציבורית ציינה ביולי 2018 כי בשנה שקדמה היא הגישה למח"ש 251 תלונות על טענות לאלימות שוטרים, שיעור המהווה עלייה של כ-25% לעומת היקף התלונות שהוגשו בשנת 2016. מתוך כלל התלונות שהוגשו, 145 תלונות נגנזו מעילות שונות (רובן מבלי שהתקיימה כלל חקירה), ורק בשבע תלונות התקיימה חקירה שבסיומה הוחלט להעמיד את השוטרים המעורבים לדין פלילי או משמעתי.
באפריל 2017 חשף גם דוח של מבקר המדינה, שרוב התיקים במח"ש נסגרים בשלבי הטיפול המקדמיים, ורק במיעוטם היא מחליטה לחקור שוטרים באזהרה ולהעמידם לדין פלילי או משמעתי. הדוח ציין, כי בתווך נותרים אלפי תלונות ותיקים הכוללים מידע שאינו זוכה לכל טיפול.
היעדר שינוי משמעותי בסמכויות מח"ש הוא נקודת כשל מהותית שאינה מטופלת במעין רפורמה שמציע שר המשפטים. מטבע הדברים, רבות מהתלונות שמוגשות נגד שוטרי משטרת ישראל, נוגעות להתייחסות לא ראויה לאזרחים, אלימות, הפליה בשיטור וכדומה. רוב התלונות הללו לא נושאות בצידן עונש העולה על שנת מאסר. על כן, על פי רוב תלונות אלה לא מטופלות או מופנות לדין משמעתי ולא מטופלות במח"ש.
הבעיה לא מסתיימת כאן. לאורך השנים, לא היו במח"ש הנחיות כלשהן שיכולות להסביר מתי מופנים תיקי חקירה של שוטרים החשודים בביצוע עבירות פליליות מדין פלילי לדין משמעתי. אי קיומן של הנחיות המבהירות על סמך אילו פרמטרים מפנה מח"ש תיקים מדין פלילי לדין משמעתי, יוצר מציאות קשה שבה שוטרים שנחקרים אינם יכולים לדעת אם הם זוכים ליחס שוויוני ביחס לנחקרים אחרים, ואם יש להם סיכוי שלא לעמוד לדין פלילי אלא משמעתי בלבד. בחודש מאי עתרה תנועת "הצלחה" לביהמ"ש העליון בדרישה לכפות על מח"ש לגבש ולפרסם הנחיות כאמור.
בעיה נוספת, שאותה ניסנקורן מנסה לפתור באמצעות "איזרוח מח"ש", אך ספק אם יצליח ללא שינוי ארגוני עמוק במח"ש, נוגעת ליחס המלטף מדי של מח"ש לשוטרים החשודים בביצוע עבירות. בדוח מבקר המדינה מ-2017 נאמר ש"החשש שלהחלטות על העמדה לדין של שוטרים יהיה אפקט מצנן על שוטרים שנדרשים להפעיל כוח במילוי תפקידם, והחשש שחשודים טופלים האשמות שווא על שוטרים, מניעים את מח"ש לנקוט משנה זהירות בבירור חשדות על התנהגות פסולה לכאורה של שוטרים". כדי שמח"ש תמלא את תפקיד כראוי, צריך לעשות בה שינוי ארגוני הרבה יותר מקיף.
הכישלונות של מח"ש הם לא רק בהיבט של החקירות, שבעיקר בו מנסה ניסנקורן לטפל, אלא גם בניהול תיקים. הדוגמה הבולטת ביותר לחידלון של מח"ש בהיבט הזה היא תיק פרשת רונאל פישר וערן מלכה. מח"ש חקרה ובהמשך הופקדה על ניהול תיק פישר, המואשם במתן שוחד לקצין המשטרה לשעבר ערן מלכה, בתמורה לקבלת מידע חסוי ממלכה על חקירות שבהן היו מעורבים לקוחות של פישר.
משפט פרשת רונאל פישר התנהל בעצלתיים כמה שנים, בעיקר באשמת מח"ש. החידלון של מח"ש בניהול תיק רונאל פישר הוביל לכך, שבסתיו 2018 מונה עו"ד דן בהט מפרקליטות מחוז ירושלים לעמוד בראש צוות התביעה בתיק, באקט שהוא הבעת אי אמון בולטת ביכולת של מח"ש לנהל תיק בסדר הגודל הזה.