משה דוניה מופקד גם על פעילות מרכז הפיתוח של מיקרוסופט בחיפה. במקום עובדים כיום למעלה מ-60 איש, כ-50 מהם מועסקים ישירות על ידי מיקרוסופט. בעיקר מהנדסי פיתוח ובדיקה העוסקים במספר פרויקטים אסטרטגיים.
קבוצות הפיתוח בישראל מקושרות ישירות לסיאטל, ועובדות מול ראשי צוותים בארצות הברית. המרכז הישראלי מתמקד כיום בשלושה מוצרים: שרת Proxy, שהשתלב בחבילת השרת הסטנדרטית של מיקרוסופט ושוחרר לאחרונה בגירסת ביטא שניה (גירסה לניסויי שדה). בין השאר, הוא מעניק הגנת חיץ (Firewall) החיונית לעבודה ברשתות אינטראנט.
מוצר נוסף הוא שרת המידע Falcon: מערכת להפצת מידע ברשתות מבוססות NT, המאפשרת להעביר מידע למשתמשים גם אם אינם מחוברים באופן קבוע לרשת. המוצר מיועד להשתלב במערכת 5.0 NT ולאפשר הפעלת שירותי הודעות מתקדמים באירגונים. קרבתו של צוות הפיתוח לשוק הישראלי כבר הביאה להתקנתו בשני אתרים בארץ, וחברה נוספת כבר הכריזה על כוונתה לבסס מוצרים עתידיים על טכנולוגיה זו.
בנוסף, מפתחים בחיפה שירות חדש המשלב איחזור דיבור. הוא יאפשר להפעיל "משיבון טלפוני" ורכז מודמים בסביבת NT. המערכת תספק שירותי הודעות קוליות ברשתות NT, שיתוף גישה לאינטרנט ושירותי פקסימיליה באמצעות מודם אחד המקושר לשרת. מוצרים אלה ישתלבו בחבילת המוצרים שמפתחת מיקרוסופט לעסקים הקטנים. « «השרת החיפני «מרכז הפיתוח של מיקרוסופט בחיפה מפתח 3 מוצרים מרכזיים שיאפשרו להחדיר את מערכת NTהחדשה לאירגונים עיסקיים